雨が降る夏の日、向日葵の咲く田んぼ道で小学5年生の少女・石岡葵（大島美優）が突然姿を消した。捜査一課の警部補・奈良健市（ムロツヨシ）は現場に急行するが、そこには必死の捜索活動を行なう葵の父・石岡征則（佐藤隆太）の姿があった。家出、事故、それとも誘拐か、さまざまな憶測が飛び交う中、強い使命感に突き動かされ捜査を開始した奈良。そんな彼の使命感の裏側には妹の真由子（平岩紙）に関する、後悔の念があった。
失踪した葵の無事を信じ、懸命に捜索を続ける征則だったが、妻の秋奈（遊井亮子）や娘の沙希（米倉れいあ）は周囲からの誹謗中傷に心を痛めていた。一方、奈良は相棒の奥村（今野浩喜）と、通学路で葵の写真を撮影していたという不審な男を追い始める。男の所持品に描かれたキャラクターから、その人物を突き止め、取り調べを開始。しかし、そこから浮かび上がる社会の闇に、奈良は否応なく直面することになる……。
ゴルフ場で見つかった葵のランドセルは無残にも切り刻まれていた。ようやく見つかった葵の所持品だったが、果たして彼女は無事なのか？ ゴルフ場の利用客を徹底的に洗い出した奈良は、謎の人物“真壁巧”にたどり着く。その男が葵の誘拐に深く関わっていると確信した奈良だったが、古谷調査官（小松利昌）から無情にも捜査本部の解散が告げられる。一方、征則はテレビ局の浅見（沢井美優）から、ある提案を受けていた。
事件を風化させないため、テレビの生放送に出演して情報提供を訴える征則。メディアに露出すれば世間の好奇の目にさらされる恐れがあると知りながら、何もできない奈良は無力感にさいなまれる。奈良を突き動かす原動力である真由子もまた、過去のトラウマから逃れられずひとりもがいていた。そんな中、征則は失踪被害者家族の集いに参加するが、娘の無事をいちずに願う彼の行動が、ある重要な手掛かりを引き寄せる……。
途方もない量のはがきの中から、たった1枚を見つけるべく、奈良のもとに集結した大前（中越典子）ら捜査員たちによる、執念の大捜索が始まった。奈良を信じ、祈り続ける征則たち。しかし、その際限のない作業は、捜査員たちの体力、精神力を容赦なく削っていく。そんな中、奈良の刑事としての勘が、誘拐犯の正体に関する一つの真実を導き出す。果たして、失踪した葵は無事なのか。奈良が向かうその先に希望はあるのか？
