再び現われた謎の光に次々と消滅させられていく、秘密結社のAT部隊。動力を切ったキリコとシャッコのAT以外は、すべて消えてしまった。その光景を目の当たりにして驚きを禁じ得ないキリコ。 その頃、ロッチナ率いるバララント艦隊がクエントに到着していた。そして、捕らえられたゴウト、バニラ、ココナを乗せたギルガメス艦隊もまた、秘密結社のゴモラ襲撃を知り、クエントへ向かっていた。 一方、ゴモルの遺跡の中を探索するキリコに、何者かの声が語りかけてきた。声は脳に直接呼びかけ、キリコに古代クエントの歴史を見せる。それはクエントに文明が生まれ、そしてとてつもなく発達した後に滅びていくまでの一大叙事詩のようであった。そして謎の意志は、キリコとシャッコをフィアナ、ロッチナと邂逅させる。キリコはフィアナを取り戻し、ロッチナの前から去っていく。 やがて、クエントに到着したギルガメス軍もまた、AT部隊をゴモルに降下させた。ギルガメスのAT部隊に追われるキリコ、シャッコ、フィアナ。謎の意思に弄ばれるかのように瞬間移動を繰り返した挙げ句、キリコはロッチナのもとへと戻されてしまった。そして、またも何者かのメッセージが、キリコの脳に語りかけてきた……。