A huge branch of the Tree of Genesis appears in the middle of the ocean, which Samon and the others conclude to be the tree's main core. Meanwhile in the past, Aika learns all the truth from Hakase and decides that to ensure that the present stay unaltered and her powers are transfered to Megumu, she must commit suicide. Hakase tries to stop her to prevent Mahiro and Yoshino from suffering, while Aika claims that she shall kill herself with the sole intention of protecting them. After a vicious confrontation, Hakase is defeated and knocked unconscious. Upon awakening, Hakase rushes to Aika's house just to find her already lifeless body and a letter adressed to her, containing a message that shall be delivered to Mahiro and Yoshino once the Tree of Genesis is destroyed.
不破愛花殺害の真相を明らかにする為、過去へ戻った葉風は、偶然出会ってしまった愛花から予想だにしない一言を告げられる。
一方、葉風のいない現代では太平洋上に高さ100kmを超える“はじまりの樹”が出現していた。
左門や早河、山本たちは“はじまりの樹”の「コアブロック」では？と考え、真の姿を暴いていく。
時同じくして葉風と愛花は一緒に自身を殺した犯人を考えるのであった。
為了查明不破愛花遇害的真相，葉風回到過去，但卻巧遇到愛花，並從她口中聽到意外的事實。另一方面，左門他們所待的現代出現了一株超過100公里高度的起始之樹，矗立在太平洋上。左門與早河、山本他們猜測那是否正是起始之樹的主核心，決定前去探究真相。同一時間，葉風與愛花正一起思考著，可能行凶殺人的究竟是誰？
Una enorme rama del Árbol del Génesis aparece en medio del océano, que Samon y los demás concluyen que es el núcleo principal del árbol. Mientras tanto, en el pasado, Aika descubre toda la verdad de Hakase y decide que para asegurarse de que el presente permanezca inalterado y sus poderes se transfieran a Megumu, debe suicidarse. Hakase intenta detenerla para evitar que Mahiro y Yoshino sufran, mientras que Aika afirma que se suicidará con la única intención de protegerlos.
