Along with Marie's old school friend, Houko Hoshinomiya, Naoto and the others observe the coup d'etat when they get a report that the Japanese government is going to use the Tall Wand against the Yatsukahagi. As the time draws close to the impact of the Tall Wand, Gennai, the mastermind behind the coup d'etat, fires the Yatsukahagi's main cannon. The two geniuses, Marie and Naoto, face a new challenge in order to stop Gennai's rampage.
Marie a su miraculeusement connecter le cerveau d’Halter à un automate militaire, s’assurant ainsi une voie toute tracée à travers les défenses du pilier céleste. Désormais maître des lieux, le groupe cherche les contre-mesures d’urgence à prendre. Il faut faire vite, le redémarrage de Yatsukahagi est proche, et le largage du sceptre de Thor l'est encore plus.
La situación empeora por momentos porque Gennai Hirayama está dispuesto a todo para acabar de una vez con Y. Pese a todo, Marie y Naoto harán lo imposible por revertir la situación.
