Die zweite Schlacht um Tokyo hat begonnen. Mit dabei ist u.a. der sadistische Knight of Ten - Luciano Bradley - der nicht zu unrecht auch "Britannischer Vampir" genannt wird. Zusammen mit seinem Valkyrie-Schwadron bringt er Lelouch ganz schön in Bedrängnis. Nicht nur das sollte den Schwarzen Rittern Sorgen bereiten. Suzakus Lancelot ist mit der neuen Massenvernichtungswaffe F.L.E.I.J.A. ausgerüstet, die von Nina entwickelt wurde. Die Detonation eines solchen Atomsprengkopf würde ausreichen, um Shinjuku komplett zu vernichten...
With the power disrupted, the Black Knights begin their assault on the Tokyo Settlement. Suzaku threatens to use the F.L.E.I.J.A. bomb, but Lelouch, having completely lost his trust in Suzaku, calls his bluff. Jeremiah and Guilford engage Suzaku, but Gino and Anya join the fray to even the odds. Sayoko frees Kallen while Rolo attempts to locate Nunnally, secretly intending to kill her. Lelouch is nearly killed by Luciano and his Valkyrie Squadron, until Kallen arrives in the upgraded Guren Seiten Eight Elements-Type. Meanwhile, the Emperor enters Area 11, and Cornelia escapes confinement. Using the new Knightmare's overwhelming speed and power, Kallen kills Luciano and severely cripples the Lancelot. On the verge of death, Suzaku's Geass command activates and compels him to fire the F.L.E.I.J.A. Unfortunately, the bomb detonates over the government complex, obliterating a massive section of the settlement. Lelouch has a nervous breakdown when Rolo tells him Nunnally is killed in the explosion.
La bataille de Tokyo fait rage, dans la plus totale confusion. Toute tactique semble avoir été abandonnée, même si Zero compte sur Rollo pour capturer Nunnally. Karen est elle délivrée de sa cellule par Sayoko et s'empare d'un Knightmare de dernière génération, basé sur le Lotus et beaucoup plus puissant que tous les robots présents sur le champ de bataille. Voyant les événements tourner à son avantage, Zero ordonne à Kallen de tuer Suzaku, ce dernier refusant d'utiliser le Freyia.
Mais dans les rangs des Chevaliers Noirs, le doute concernant les motivations du chef grimpent encore et Asahina semble même avoir trouvé la preuve qu'il cherchait...
Un battaglione dell'ordine dei cavalieri fino a quel momento rimasto nascosto si dirige verso la capitale (Lord Bradley lascia affrontare Xingke a Lord Bismark e si dirige sul luogo), e mentre Lelouch attiva un congegno disturbatore celato sulla linea ferroviaria (che disattiva gran parte dei Knightmare britanni) un gruppo d'infiltrazione guidato da Rolo si dirige al palazzo del governatore per recuperare Nunnally. La battaglia ha inizio, e Suzaku scende in campo con il Lancelot equipaggiato con il F.L.E.I.J.A., benché deciso a non usare per nessuna ragione tale arma. Lelouch, non considerando più Suzaku un amico, dà ordine ai suoi uomini di distruggerlo. A fronteggiare il giapponese scendono in campo Jeremiah sul suo nuovo Knightmare, il Sutherland Sieg, e il "geassato" Lord Guilford su un Vincent. A questo punto però scendono in campo anche il Knight of Three Lord Gino Weinberg e il Knight of Six Lord Anya Alstreim, decisi a fermare Zero. Frattanto, il gruppo d'incursione guidato da Rolo giunge a liberare Karen, che scende in campo sul suo precedente Knightmare, il Guren Kashoushiki, che potenziato dagli scienziati britanni è diventato un mezzo di gran lunga più potente di qualsiasi altro Knightmare, il Guren Seiten Hakkyokushiki. Con esso Karen distrugge facilmente in battaglia il Knightmare di Lord Bradley, uccidendolo; la sua potenza è inoltre tale da ridurre in rottami il Lancelot. Ma quando Suzaku sta per essere definitivamente sconfitto, il geass di Lelouch "sopravvivi" ha il sopravvento: il giapponese fa fuoco con il F.L.E.I.J.A., e il proiettile, che manca il Seiten, va a colpire il palazzo del governatore, nel quale erano presenti tra i molti Nunnally e una delle quattro spade sacre, Asahina, disintegrandolo completamente assieme a una vasta area della città.
キュウシュウで、そしてトウキョウ租界で戦闘が始まった。超合集国の戦力を得た黒の騎士団とナイトオブラウンズをも投入したブリタニア軍。精鋭同士の全面対決は紅蓮聖天八極式の参戦で更に激化していく。そしてその死闘の果ての結末は…。
Mesmo com a ajuda de Jeremiah e Guilford, Lelouch e os Cavaleiros Negros mal conseguem oferecer resistência a Suzaku e aos Cavaleiros da Távola Redonda.
Creyendo que Suzaku ha traicionado por completo su amistad, Lelouch no tiene más opción que apoderarse de Nunally antes que se vea involucra en la batalla. Las cosas parecen marchar según sus planes hasta que Suzaku libera el FREIA, cuyo poder destructivo hace desaparecer la oficina de gobierno donde Nunally se encuentra.
在混亂的戰爭中，娜娜莉被“愛之女神”的砲彈炸中身亡，魯路修悲痛欲絕。
