The team discovers that when they grow up, their relationship with their Digimon will come closer to an end. They realize that the more they fight, the faster their bond breaks and the time to choose is approaching fast.
Dix ans se sont écoulés depuis l'été où Taichi a rencontré Agumon et les autres Digimon, et où ils ont vécu d’incroyables aventures dans le monde digital. Taichi est à présent étudiant, tandis que Yamato et ses compagnons sont entrés dans la vie active.
Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents.
El equipo descubre que cuando crezcan, su relación con sus Digimon se acercará a su fin. Se dan cuenta de que cuanto más luchan, más rápido se rompe su vínculo y el momento de elegir se acerca rápidamente.