Yoshimori and Tokine find out that the transfer student, Gen Shishio, is a member of Masamori's Night Troop and was in fact sent by Masamori to protect the Kekkaishi of Karasumori. Meanwhile gramps is doing some research on the "skin" that the Ayakashi dropped.
Shishio Gen fait son apparition dans l'école de nos 2 héros. Celui-ci ferait parti du Yagyou et aurait été envoyé dans le but d'aider nos 2 kekkaishis à défendre la terre Karasumori. Cependant Yoshimori n'a pas l'air heureux de devoir faire équipe avec ce mystérieux personnage.
Pendant ce temps, Shishio va voir Tokiko dans sa demeure; et tente d'aller discuter avec le Grand-père de Yoshimori, mais ce-dernier semble absent. En effet, Shigemori se trouve chez un de ses amis, un certain Matsudo Heisuke, pour lui demander d'analyser le reste de peau humaine utilisée par les Ayakashis.
A son retour de l'école, une fois arrivé chez lui, Yoshimori tombe nez à nez avec Shishio, ce qui est loin de le ravir. C'est alors que Shigemori fait son retour dans la demeure et ne semble pas d'accord au sujet de la collaboration avec l'Urakai.
Le soir, Tokine et Yoshimori se retrouvent sur le domaine Karasumori pour accomplir leur travail. Alors qu'ils font face à un ayakashi plutôt agile, la bête se fait exterminer pas une mystérieuse aura démoniaque appartenant à... Shishio. Celui-ci ne veut pas travailler avec des kekkaishi qu'il qualifie de faibles.
Puis deux nouveaux personnages font leur apparition au bout de leur dimension : La Princesse Hime, (chef de la mystérieuse organisation) et Byaku (commandant). Celui-ci révèle ses intentions de s'emparer de Karasumori.
志々尾限は自分の正体を明かすが、良守は限の事を人に化けた妖と怪しむ。すると、限は携帯電話で正守に連絡。裏会の限を烏森の地の警護および結界師の補佐役として派遣したのは正守だった。限は組織的な妖の集団が烏森を狙っていると説明。良守は限に頼りないとバカにされ、怒って言い返す。２人は一触即発の状態になり、時音が止めに入る。時音は２人に注意した後、限に自己紹介して握手を求めるが、限は逃げ去ってしまう。
この後、中等部２年２組の教室では、田端と市ヶ谷が限の噂話をする。良守は限が高等部の女子に人気があると知って気を悪くする。良守は決着をつけるため、限のいる１組へ乗り込もうとする。だが、既に限は早退してしまったという。早退した限は裏会の書状を持って雪村家を訪ね、時子にあいさつする。続いて、限は墨村家も訪問するが繁守は不在。その頃、繁守は某大学の名誉教授、松戸平介（まつどへいすけ）の家を訪ねていた。
異界愛好家でもある松戸は助手で妖の加賀美（かがみ）を繁守に紹介する。この後、繁守は松戸に監視者が残した腕の一部を渡して調査を依頼。松戸は採取した日時や状況など、詳しい情報を教えろと繁守に要求する。墨村家では、限が繁守の帰りを待っていた。そこへ良守が帰宅して２人は言い争いを始める。そして、修史が良守を宥めている時に繁守が戻ってくる。繁守は自室に通した限に裏会の勝手な行動について小言を言う。
限が１人暮らしのアパートに帰宅すると、正守から携帯電話に連絡が入る。正守は任務だからと気張らずに学校生活を楽しめと伝え、自分から女子に話しかけられな
