あらゆるオタク文化が排除された２０１１年の日本。 アキバに立てこもり、圧政に抵抗するオタク革命軍の若きリーダー・オタクヒーローは、革命への熱を喪いかけていた。 秩序維持組織ＳＳＣによる総攻撃に、彼を慕う魔法少女アナーキーの命がけの訴えがアキバの空を燃やす。 囚われた魔法少女ブルーを奪還すべく、革命軍は監獄要塞〝ビッグサイト〟への襲撃を敢行する！
ブルーの奪還に成功したオタクヒーローとアナーキーは、 謎の小動物・狂太郎とともに最後の魔法少女ピンクの行方を追う。 『好きなものを好きなだけ好きでいられる世界』を取り戻そうと共闘を呼び掛けるが、 怪しげな空間で踊り狂うオタサーの姫と化したピンクはかたくなに拒否。 覚悟を試され、カプセルを口にするアナーキーとブルー。 それは極彩色の脳内世界への入口だった！
ピンクを仲間に加え、ついに3人の魔法少女が集結。 決起集会にと集まったメイド喫茶でバカ騒ぎのオタクヒーローたち。 一方、SSC首領・SHOBONは、四天王の一人・＠号に出撃を命令。 崩壊したアキバを舞台に、巨大ロボットvs魔法少女の壮絶なバトルが幕を開ける。 メイド喫茶に常駐する怪しげなドライバー、そして＠号がオタクに抱く激しい憎しみの正体とは。
姿を現したＳＳＣ四天王の一人・スレイヤー。アナーキーは彼女に複雑な感情を抱く。 一方、愛してやまない強合金ロボの修理に奔走するオタクヒーローは、それを神田川に落としてしまう。 そこへ『万世橋オタクコミューン』を名乗る中年男らが出現。 革命軍をなぜか忌み嫌うオールドオタクたち。 神田の川面で〝オタクとは何か〟を賭けた世代間闘争の幕がいま上がる！
魔法少女の能力を強化するクスリを求めてアキバを抜け出したオタクヒーローたちは、 いまもオタク狩りが続く敵地・渋谷へとたどり着く。 怪しい外国人・マーカスの手引きで出会った老調合師は、クスリと引き換えにある条件を出す。 幻の美少女フィギュアを求め、オタクヒーローと魔法少女たちはＳＳＣの拠点へと向かう。 そこは革命の始まりの場所〝中野サンプラザ〟だった！
オタクヒーローたちが中野保管庫を襲撃した同じ頃、アキバ解放区はSSCの総攻撃を受けていた。 リーダーと魔法少女が不在のなか、必死の抗戦を続ける革命軍たち。 危機を知りアキバへ急行するオタクヒーロー。 その脳裏に去来する、アナーキー・ブルー・ピンクとの過去。 雪のクリスマスイブに現れた少女たちとの絆、そして仇敵SHOBONとの因縁の出会いが交錯する。
アキバへと急ぐオタクヒーローたちの前に、ＳＳＣ四天王・アダム＆イブが立ちはだかった。 彼らの作り出す電脳空間に呑み込まれ、ブルーとピンクは捕まり、アナーキーは変身を封じられてしまう。 世界をゲームの力で制しようと目論んだアダムの操る究極のチートに、なすすべのないオタクヒーロー。 絶体絶命に思われたそのとき、彼のオタクとしての本能と正義が炸裂する！
中野保管庫襲撃と解放区の防衛に成功したアキバ革命軍は、その勝利を日本中に伝えるイベント『わんく！』を企画する。 総合プロデューサーに就任したオタクヒーローは、プランやゲストを次々と揃えて調子に乗ってゆく。 だがその胸にはつねに、一抹の虚無が宿っている――その正体とは？ 〝オタクの炎は消えてない〟と世界に叫ぶ、魂の絶唱が巨大ステージを震わせる！
オタク勢力が一堂に会する『わんく！』のステージを狙い、ＳＳＣの猛攻が始まった。 それを率いる四天王・ひまわり＆お兄ちゃん。 妹への偏執的な愛に生きるお兄ちゃんを武器に、ひまわりが仕掛ける苛烈な攻撃。 やべぇ兄妹の強大な力で劣勢に追い込まれ、やむなく調合師にもらったクスリを飲む魔法少女たち。 だが、もちろんそれはタダのパワーアップアイテムではなく…？
ついに現れたＳＳＣ四天王最後の一人・スレイヤーは、 お兄ちゃん＆ひまわりを一撃で屠る圧倒的な力を見せつけた。 最後通告を受け、オタクたちは意気消沈。 彼らを鼓舞しながら、オタクヒーローとアナーキーたちは互いの覚悟を確かめ、勝利を誓いあう。 そして訪れる最終決戦――革命軍はＳＳＣの本拠地へと進撃を開始。 そして魔法少女はアキバで宿敵スレイヤーを迎え撃つ！
ＳＳＣ本拠地の最深部で見つかったＳＨＯＢＯＮの手帳には、 スレイヤーと死闘を繰り広げるアナーキーたちに迫る重大な危機が記されていた。 それは同時に、この戦いの真相へとつながるもの。 オタクを憎悪し、根絶を企んだＳＨＯＢＯＮの意図が、その過去とともに明かされる。 すべての終わりを食い止め、塞がれた未来を変えるべく、オタクヒーローは無人の東京の街を疾走する。
スレイヤーの血と命を糧に誕生した『魔法少女マジカルデストロイヤーズ』。 それは希望でなく、絶望そのものだった。 ＳＳＣ本拠地の制圧に革命軍が歓喜したのもつかの間、アキバ解放区に最期のときが近づいている。 定められた結末を手にしたＳＨＯＢＯＮに、オタクヒーローはあまりに無力。 だが、その魂と衝動に奇跡は宿る。 終末を超えて紡ぎ出される、新たな世界の物語とは。
