The BETA have invaded Japan, and are advancing on Kyoto. An alien vanguard breaks through the Japanese lines, and attacks Yui's supply base. Badly outnumbered and cut off from support, she has no choice but to flee...
首都・京都に迫るBETAの進撃を止めるべく、戦地へと赴く唯依達。しかし、圧倒的なBETAの数の前に、抵抗も虚しく戦術機は次々破壊され、苦楽を共にしたクラスメートたちも、ひとり、またひとりと犠牲となっていくのだった。
撤退を余儀なくされた唯依たちは、救援隊の待つ京都駅へと向かうが、そこにはさらに凄惨な現実が待っていた。
3年後、成長した唯依はアラスカへ向かう航空機の中にいた。「トータル・イクリプス」の物語が、今、幕を開ける——。
Yui y las demás estudiantes de la academia han tenido que salir al frente de combate contra los BETA, sabiendo que el tiempo promedio de muerte es de 8 segundos, las esperanzas de sobrevivir se ven cada vez menores.
Os BETA invadiram o Japão e avançam sobre Kyoto. Uma vanguarda alienígena rompe as linhas de defesa japonesas e ataca a base de suprimentos de Yui. Em grande desvantagem numérica e isolada de reforços, ela não tem escolha a não ser fugir...
