大政奉還の策は成功するが王政復古の大号令が出され、結局、慶喜(今井朋彦)は大坂城に退却。一方、新選組は伏見に布陣する。勇(香取慎吾)は二条城と伏見を行き来するうち、龍馬暗殺の誤解からおりょう(麻生久美子)に命を狙われる。静養している総司(藤原竜也)は、伊東一派の残党に踏み込まれるも、お孝(優香)の機転で事なきを得る。そんな折、勇までも伊東一派の残党から鉄砲で狙撃される。