肩を撃たれ負傷した勇(香取慎吾)は、新選組を歳三(山本耕史)に託し、病身の総司(藤原竜也)と共に大坂城に入る。ついに鳥羽伏見で戦端が開かれ、錦の御旗を立て官軍となった薩長軍の近代兵器の前に、新選組の属する幕府軍は総崩れ、逃げ遅れた周平(浅利陽介)を助けた源三郎(小林隆)は被弾し命を落とす。逆賊になることを恐れた慶喜(今井朋彦)は、ひそかに容保(筒井道隆)らを連れ江戸へ逃げ戻る。