日本初の無差別銃乱射事件が東京で起こり、そのニュースは日本中を震撼させた！警視庁は、この事件の捜査にSTの出動を要請する。そのSTの指揮官に任命されたばかりのキャリア警部・百合根友久（岡田将生）は、捜査一課の刑事・菊川吾郎（田中哲司）と共に事件現場へと急ぐ。まだ見ぬSTメンバーとの対面にいささか緊張しつつ事件現場に到着した百合根。そこに、およそ刑事に見えない面々が次々と現れる！中性的な雰囲気だがノリが軽く空気の読めない青山翔（志田未来）。警察犬ばりに血痕の臭いを嗅ぐ黒崎勇治（窪田正孝）。僧侶の格好で遺体に向かい読経を始める山吹才蔵（三宅弘城）。露出度の高い服で悩殺ポーズを決める結城翠（芦名星）。彼らの情報を事前に集めていた百合根はともかく、現場叩き上げのベテラン刑事・菊川は変人と評判のSTメンバーを目の当たりにして閉口するばかり。しかしまだそこには、1番の変人、STのリーダー・赤城左門（藤原竜也）の姿がなかった！百合根が赤城の自宅を訪れても、ろくに口もきかずドアを閉められてしまう始末。STのメンバー曰く、赤城は対人恐怖症で引きこもり!?自宅に情報を集め自宅で分析をする、そういうやり方が現場の刑事たちを苛立たせ、衝突を生んでいた。STメンバーと捜査本部の刑事たちの間に入ってなんとか協力体制を作ろうと奮闘する百合根だったが、捜査方針の見解の違いからお互い全く相入れない。STを創設した警視庁刑事部の三枝参事官（渡部篤郎）は、STをまとめる自信がないとぼやく百合根に、君にしかできないと励ます。そうこうしている内に、今度は皮膚が剥がされた絞殺死体が
法医学のスペシャリスト・赤城左門（藤原竜也）を筆頭に、警視庁科学捜査研究所の優秀な研究員5名に特別捜査権を与えて結成されたサイエンティフィック・タスクフォースこと、通称“ST”。キャリアの警部だった百合根友久（岡田将生）が彼らの管理を任されてから1年、ろくな実績を挙げることが出来ず、また三枝俊郎（渡部篤郎）参事官という後ろ盾も失った。さらに後任としてついたのがSTを敵対視する松戸紫織（瀬戸朝香）理事官。それにより、ますますSTは存続の危機にあった。そんな中、2つの殺人事件が発生。しかもそのうち1人の被害者は、遺体がゾンビのように動き出したらしい。百合根は不思議がるが、STのリーダーである赤城は、フグが持っているような毒を使えばありうると告げる。 赤城・百合根に加え、青山翔（志田未来）、結城翠（芦名星）、黒崎勇治（窪田正孝）、山吹才蔵（三宅弘城）という科学捜査のスペシャリストたちで構成されたSTだが、変わり者揃いとあって警視庁内で疎まれていた。さらに青山が余計な挑発をしたことで捜査本部から締め出されたため、STは独自で捜査を開始。被害者は2人ともモデルの八神秋子（加藤夏希）に付きまとっていたことを知る。捜査すればするほど秋子への疑いが深まるが、それが真犯人の狙いではないかと赤城は考え…。
三ヶ月前から昼夜を問わず突然、通行人が殴り倒される事件が続発する。しかも犯人は「スデナグリ」というハンドルネームを使い、犯行の一部を動画サイトにアップし、まるでゲームの様に楽しんでいた。そしてサイトの閲覧数が増加した為、犯行がエスカレートし遂に山田修という青年が殺される。 しかし、遺体を調べた赤城左門（藤原竜也）は、山田の殺害はスデナグリではなく、別の犯人だと見抜く。百合根友久（岡田将生）は被害者・山田が生前あるマンションに通っていたことを突き止め、赤城と共に部屋を捜査したところ、血痕を発見する。そう山田はこの部屋で殺害されたのである。そして部屋の所有者であるライトノベル作家・広塚章太（忍成修吾）を任意同行で事情聴取することに。青山翔（志田未来）のプロファイリングをもとに百合根は広塚が自分のゴーストライターである山田の独立をめぐり2人が対立し、殺害に至ったのではないかと詰め寄る。だが広塚は山田とコンビだったことは認めたが、殺害は否定する。一方、青山による地理的プロファイリングをもとにスデナグリの次の犯行現場を張り込みする菊川吾郎（田中哲司）。しかし現れた複数のスデナグリから集団リンチに遭ってしまう。果たして菊川は無事なのか!?広塚は真実を語っているのか!?2つの事件が錯綜し、迷走する捜査。赤城は隠された真実を見つけられることはできるのか―。
黒崎勇治（窪田正孝）の親友で俳優の卵・内藤茂太（石垣佑磨）はインターネットを使った詐欺に引っかかる。黒崎は茂太が騙されたエレガンス企画が暴力団「極央組」関連だと突き止める。そこで警察への相談を勧めるが、茂太は「警察なんかアテにならない。相手を騙し返して自分で金を取り返す！」と息巻く。 同じ頃、付近のあるビルで火災が発生する。そしてマリという女性が遺体となって発見される。STは捜査に加わり、犬並みの嗅覚をもつ黒崎が出火原因を突き止めようとしたが、においが無いため分析できずにいた。そんな中、不謹慎にも赤城左門（藤原竜也）は自分にふさわしい難事件だと喜ぶのであった。 早速、赤城と百合根友久（岡田将生）はまずは被害者マリが勤めていた高級クラブに聞き込みに行くことに。そこでホステスたちに囲まれ顔面蒼白になる赤城を傍らに、聞き込みをしている百合根が驚愕な出来事を見てしまう。百合根の視線の先にはなんと！黒崎がママの肩を抱き寄せて見つめ合っているのである!?一方、火災のあったビルは茂太が騙された暴力団「極央組」の所有物だとわかる。極央組は近年台頭して来た暴力団「夏目会」と揉めており、連続して起きた原因不明の火災は2つの暴力団の縄張り内で起きていた事が判明？「原因不明の火災」「暴力団」「詐欺」「ホステス」様々なキーワードが重なり合い、1つになったとき事件の真相が…。
とあるマンションの一室で男女4人の遺体が発見される。七輪を使った一酸化炭素中毒による集団自殺の線が濃厚だと報告する菊川吾郎（田中哲司）。しかし、現場の状態から自殺と判断するには不自然な点が多い事に気づいた赤城左門（藤原竜也）は他殺あるいは自殺ほう助の可能性が高いと告げる。亡くなった4人は苦楽苑という宗教法人の信者だった。赤城と百合根友久（岡田将生）、山吹才蔵（三宅弘城）は早速苦楽苑を訪ね、事件が起きた部屋の所有者でもある教祖の阿久津昇観（松田悟志）に話を聞く。そして現場となった部屋には普段、鍵が掛けられていたことや、阿久津と意見が対立した一番弟子の篠崎雄介（鈴木一真）が苦楽苑から独立しようとしていたことが判明する。 続いて赤城たちは亡くなった4人と一緒に修行していた町田智子（須藤理彩）を訪ねる。警戒していた町田だったが僧籍を持つ山吹には心を開き、篠崎が自殺を肯定しかねない思想を持っていたことを話してくれる。しかし当の篠崎はその場で思いついたことを言ったまでだと主張。また部屋の鍵は郵便受けに置いており、信者が自由に使えるようにしていたと話す。阿久津と篠崎の言うことが微妙に食い違っているなど、捜査はなかなか進展しない中、百合根はとある喫茶店で山吹が町田と楽しそうに話をしているのを目にし…。人間の《欲》を描いた第4話。不動心の男・山吹が遂に動き出すー。
心霊番組のプロデューサー・細田康夫が首を折って死んだ。現場には首の切れた紙人形が落ちていた。プロファイラー青山翔（志田未来）は霊の祟りかもしれないと言い出すが、あくまでも事故だと菊川吾郎（田中哲司）は主張。赤城左門（藤原竜也）は不自然な点を挙げ、「菊川にほえ面かかせてやる！」と息巻く。捜査を始めたSTのメンバーは番組出演者やスタッフに聞き込みを開始。関係者の様子を見た青山は、全員がそれぞれ嘘を付いていることを見抜く。しかし百合根友久（岡田将生）は事故死ではないかと主張したところ、赤城は現場の部屋を使ってある実験を行うことに。そして他殺であることを確証したSTメンバーは犯人を追い詰めるため、次の作戦へ―。果たして、事件の真相を暴くため関係者全員の嘘を見破る事は出来るのか!? 騙し合いの第5話、真実の先に見えるものとは―？そして、プロファイラー青山の隠された秘密が明らかに!?
8月7日正午。女性が監禁されている映像が警視庁に送りつけられた。犯人の要求は「48時間以内に武藤嘉和の死の真相を明らかにせよ。さもなければこの女を断罪に処す」とのこと。しかし3時間経ってもなお、武藤嘉和及び人質女性の情報を得られずにいた。そこでSTの出番となり、天才・赤城左門（藤原竜也）の推理力が発揮される。赤城の推理をもとに捜査したところ、人質女性は政和大学病院の研修医・小山あずさ（岩田さゆり）だと判明。さらに武藤嘉和は政和大学病院の医療ミスによって命を落としたことも発覚。そこで百合根友久（岡田将生）と筒井桃子（柴本幸）は患者を装い政和大学病院に潜入することに。そして武藤嘉和の担当医・平戸憲弘（柏原収史）に接触することに成功するが早々に病室を追い出されてしまう。百合根が腹を立てながら病院内をうろついていると、物陰に隠れコソコソしている赤城を発見する。赤城は病院スタッフに聞き込みをしようとしているのだが、対人恐怖症が邪魔をして声を掛けられずにいた。そんな時に赤城の前に主任教授・大越隆太郎（長谷川初範）と平戸医師が現れる。そして大越教授は赤城が政和大学病院に勤めていた時に犯した罪を掘り返し、追い詰めようとする。果たして七年前、赤城の身に何が起きたのか!? さらに対人恐怖症に落ち入った原因が明らかに!? 赤城左門の隠された過去が明かされる第6話。そして赤城は過去から立ち直り、人質になっている小山あずさを救出することは出来るのか!?
結城翠（芦名星）がSTを辞めると、突然言い出した。百合根友久（岡田将生）は松戸理事官（瀬戸朝香）が唆したのではと疑うが、翠は自らの意志で異動願いを出したとのことだった。そんな中、翠は松戸理事官や菊川吾郎（田中哲司）と、国際的バイオリニスト・柚木響子（黒坂真美）の演奏会に行くことに。しかし開演を待つ間に殺人事件が発生する―。被害者は響子の恩師である東都音楽大学の教授・小松貞夫。小松が死亡していたのは演奏会に備えて響子が使っていたストラディバリウスが展示してある特別室。部屋はオートロックになっており、遺体発見時は中からチェーンも掛けられていた。百合根は密室殺人だと騒ぐが、菊川は事故だと否定。しかし赤城左門（藤原竜也）は殺人事件だと断言した。さらに赤城の暴言で松戸理事官の逆鱗にふれ、百合根は「解決できなければSTを解散する！」と無謀な約束をしてしまう。響子に聴取したところ、亡くなった小松がなぜ特別室にいたのか不明だという。しかし翠は声の調子から彼女が嘘を付いていると気づく。事件当日、特別室にいる響子を訪れたのは音楽プロデューサーの大野伸一郎（羽場裕一）、後輩の福島玲子（関めぐみ）、大学職員の辛島秋仁（姜暢雄）であることが判明。いずれも小松殺害の動機があり、殺害するチャンスもあった人物たちだ。果たして、赤城は密室トリックを解明し、犯人を見つけ出す事は出来るのか!? そしてST存続の危機を守る事はできるのか!?
ある朝、公園で男性の遺体が発見された。殺害された田所は7年前、酒に酔った勢いで当時21歳だった大崎に暴行を加えた。そのまま放置された大崎は脳挫傷が原因で死亡。しかし、田所は未成年だった為、たった一年で出所。そのため殺害された大崎の両親による復讐の線も考えられたが、2人には揺るぎないアリバイがあった。早速、赤城左門（藤原竜也）と百合根友久（岡田将生）は大崎の母親・佳子（宮地雅子）に会いに行く。佳子は未だに息子の死から立ち直ることができずにいた。そんな佳子が漏らした本音「誰なのかしらね？田所を殺してくれたのは」—————。翌日、新たな男性の遺体が発見される。殺害されたのは、小林栄太。彼は田所同様、過去に犯罪を犯していた人物だった。4年前、小林は当時18歳だった新島優名をストーキングし殺害した容疑をかけられていたが、殺害に関しては証拠不十分のため不起訴に。2件の事件は殺害方法・殺害場所が酷似しており、さらに最大の共通点が“被害者が過去に恨みを買った人間”であるとプロファイリングする青山（志田未来）。捜査が錯綜する中、菊川刑事（田中哲司）がエリート部署・警務部人事課に異動することに。動揺する筒井桃子（柴本幸）はやる気が空回りする。そんな桃子と共に赤城と百合根は新島優名の父親であり犯罪心理学者の新島泰弘（西岡德馬）に聞き込みへ。赤城はアリバイのない泰弘を追い詰めようと4年前に殺害された娘の話題を出すが、冷静に切り返されてしまう。一方、妻・春名（高橋ひとみ）は娘を殺した犯人は勿論、犯人を逮捕できずにいる警察を恨み続けていた。しかし犯行
百合根友久（岡田将生）はSTの功績が認められ警察庁刑事局特殊犯罪対策室の室長に抜擢となり、異動は一週間後だと命じられる。新たなSTのキャップとして就任するのは池田管理官（林遣都）。百合根がSTを抜ける事に赤城左門（藤原竜也）があっさり承諾したため、百合根は激怒。翌日も文句を言い続けるが、赤城は我関せずとばかりに先日起きた事件の現場写真に見入る。直後、新たな遺体が発見される。先日起きた事件と同様に被害者の背中には“モモタロウ”の刻印が彫られていた。現場に到着した赤城は犯人が残した次の殺人現場のヒントを見つけ、第三の現場に急ぐ。その頃、都内の高級スポーツジムでは立てこもり事件が発生。立てこもり犯の要求は赤城左門を5分以内に連れてくること。しかし、赤城が立てこもり現場に5分で向かうのは不可能。そこで赤城は青山翔（志田未来）にすべてを任せる。青山の指示のもと、池田は赤城になりすまし立てこもり現場へ。第三の現場に辿り着いた赤城たちは、第一、第二の遺体同様“モモタロウ”の刻印が彫られた遺体を発見する。赤城は「一連の連続殺人は一つの思想でまとまったグループによる組織的犯行」だと推理。そして、その裏には三枝（渡部篤郎）の影が!? 果たして、赤城はこの連続殺人を止める事は出来るのか!? 一方、立てこもり現場に向かった池田の運命は!? さらに三枝が警察を去った“真の目的”が明らかとなる―。
桃太郎の鬼退治と称して正義の味方を気取った連続殺人事件が発生する。被害者はいずれも世間的に悪人とされる人物であり、一連の事件は警察に代わって悪を裁こうとする組織が起こしたものだった。犯人グループの一人、三枝俊郎（渡部篤郎）は大胆にも赤城左門（藤原竜也）を呼び出し、「次に狙われるのは百合根友久（岡田将生）か赤城」と、ヒントを与える。赤城は次のターゲットが百合根だと推理し、焦り始める一方で自分の中で芽生え始めた“人を殺す気持ちが知りたい”という葛藤に悩み苦しむ——。ラボに戻り、青山翔（志田未来）にプロファイリングを聞くと、犯人グループは社会に正義をアピールしたいという一方で自殺願望があるという。また赤城は犯人グループが被害者を拉致した場所に残す“五芒星”の意味を推理し、名前のどこかに「土」「水」「火」「金」「木」が付く人物が順番に殺されていることを解き明かす。そして次は「木」が付く名前の人物。赤城は次のターゲットが百合根だと改めて確信し、三枝に接触を試みるが時すでに遅く、三枝は百合根を呼び出していた。カフェ3に行った百合根は拳銃を突きつけられ…そして悲劇は起きる―。果たして赤城は百合根を救うことは出来るのか!? そして赤城はもう一人の自分の暴走を止める事は出来るのか!? 最後にたどり着く答えとは―。
天才ハッカーによる囚人の脱獄事件が勃発。だが、犯人・鏑木徹（ユースケ・サンタマリア）は焼死体として発見された。殺人の容疑者として逮捕されたのは、警視庁科学特捜班ＳＴのリーダー・赤城左門だった。罪を認めた赤城は、その理由を「鏑木は許しがたいことをした」と言う。許しがたいこととはいったい何なのか？その真意がわからないまま、リーダー不在でSTは解散することに……。だが、赤城は拘置所から脱走。警察は追跡に青山・結城・黒崎・山吹、つまりSTメンバーを召集。皮肉にも、STは赤城を捕まえるため特別復活することに。 最高のチームが最大の敵になった瞬間だった。赤城vsSTの逃走劇が始まる。<br /> 異動を２日後に控えたＳＴの責任者・百合根友久も、赤城の無実を信じ、捜査に参加、事件の鍵を探り当てる。それは、「フギン」という感染したコンピューターから情報を抜き取るサイバー暴露ウイルスだった。事情を知る謎の女・堂島菜緒美（安達祐実）に行き着くが、ひと足早く何者かによって誘拐されてしまう。取り残された菜緒美の娘・椿（鈴木梨央）と行動を共にする百合根。そこへ赤城が現れて……。張り巡らされた警察の包囲網の中、事件を追うことになったバディ。百合根は赤城の真実を知ることができるのか？そして、複雑に絡み合う難事件の謎は、すべて解けてしまうのか……!?
