櫻井朔太郎（織田裕二）が担任する生徒、屋嶋灯里（吉高由里子）に淫行疑惑が持ち上がる。淫行を糾弾する怪文書が見つかったのだ。その事実はないものの、灯里は高額のプレゼントをもらって７人の男と交際していた。灯里に想いを寄せる田幡八朗（濱田岳）や、根岸洋貴（岡田将生）、白崎凛久（北乃きい）、楠木大和（冨浦智嗣）、日垣茂市（鍵本輝）らは、怪文書を教師の目から伏せ、かばおうとする。だが、そんなことはものともせず、櫻井が首を突っ込んでいく。 灯里に犯人探しを持ちかけられた八朗は、もらったものを返して謝れと勧める。しかし、灯里は自分の非を認めず立ち去ってしまう。そこに櫻井が現れ、灯里への無償の愛を示してやれと、八郎にラブレターを書かせる。八郎は、必死で書いたラブレターを灯里に渡すが、読まずに捨てられてしまった。その頃、神谷龍之介理事長（小日向文世）たちに怪文書が発覚してしまい…。
櫻井朔太郎（織田裕二）が担任するクラスの生徒、川辺英二（山本裕典）の成績が3年生になってから急落。理事長の神谷龍之介（小日向文世）は、榎戸若葉（北川景子）に英二へ自分からの手紙を渡してくるようにと依頼する。 放課後、若葉は根岸洋貴（岡田将生）、白崎凛久（北乃きい）、田幡八朗（濱田岳）に案内をさせて英二の家へ。そこで、意外な英二の姿と生活を知る。 次の日、朔太郎が3年1組で授業を行っていると、昨日、英二の家で若葉たちが見た2人の子供が乱入。子供たちを手なずけた朔太郎は、英二に関するあることを聞いた。 その頃、英二は理事長室にいた。神谷は英二への期待を手紙にしたためていたらしい。英二は、手紙に書かれたことを実践し、これからは受験勉強に集中できると話す。 英二が教室に戻ると、朔太郎の傍らにいた子供たちが駆け寄って行った。その姿を見た朔太郎は、英二を屋上に連れて行く。一緒に来た若葉は、英二の決断を褒めるが、朔太郎は不審に感じている様子。 英二と子供たちが抱える問題に、またしても首を突っ込んでいく朔太郎。そしてそこに巻き込まれる若葉だが、長谷部杏花（戸田恵子）が持っていた写真から、朔太郎の信じられないような過去を知ることになって…。
ピアノでの大学推薦を得られる演奏会に出場予定の櫻井朔太郎（織田裕二）が担任をする3年1組の生徒、三崎雅行（中村優一）が"湘南海岸高校対抗ビーチバレー大会"に出場すると言い出す。廃部寸前のバレー部のために選手を募った櫻井は大喜びだが、雅行の出場希望にはある理由があった。 一方、幼馴染の根岸洋貴（岡田将生）と白崎凛久（北乃きい）は、微妙な関係。その凛久を雅行がビーチバレーのペアに誘う。この指名に、貴林優奈（黒瀬真奈美）が反応して練習要員に名乗りを上げる。雅行と優奈の関係は誰もが認めるところ。だが最近、雅行は優奈を避け、凛久に接近していた。もうひとりの練習要員として、洋貴も加わる。 4人は練習を始めるが、何ともギクシャクしっぱなし。そんな時、優奈がアタックしたボールが凛久の顔面を直撃。非難する雅行に、優奈はどうして凛久とペアを組むのかと聞く。すると、雅行は凛久が好きだからとあっさり告白。ショックを受けた優奈は、泣きながら去ってしまう。 と、そこに、赤木保則（池田鉄洋）がやって来た。音楽室に戻り、ピアノに専念するよう雅行を説得する赤木を櫻井、榎戸若葉（北川景子）、凛久が見守る。だが、雅行は今やりたいことはバレーだと話して、出て行ってしまった。 朔太郎と凛久が海岸に行くと、雅行が１人でバレーの練習をしていた。せっかくピアノで推薦を受けられるのにと雅行を心配する凛久に、櫻井は…。
櫻井朔太郎（織田裕二）が担任する3年1組の優等生、澤水羽菜（谷村美月）と楠木大和（冨浦智嗣）が恋に落ちた。だが、心を通わせたと同時に、微妙なすれ違いも始まる。自分の心に一段落つけたとクールな大和に対し、羽菜は恋のスタートで受験勉強に感じていた疑問が一気に膨れ上がっていく。 次の日、模試でトップテンに入った羽菜は全校集会のスピーチをさせられる。スピーチ用の原稿は、柴草修平（八嶋智人）から渡された。しかし、壇上に立った羽菜は渡された原稿を読まず、自分の言葉で勉強への疑問を問い始める。教師陣の制止も無視して、次々と疑問をぶつける羽菜。異変に気づいた根岸洋貴（岡田洋貴）たちも、羽菜を止めるよう側にいた櫻井に頼む。だが、櫻井は生徒たちに話を聞けと促し、壇上から強制的に降ろされる羽菜にただ一人で大拍手を送る。 この日から、羽菜は櫻井と長谷部杏花校長（戸田恵子）の擁護とは裏腹に、神谷龍之介理事長（小日向文世）たちから異端視扱いされてしまう。それでも、羽菜は清々した様子。逆に、羽菜は大学への進学をやめると宣言。大和との恋を進めようとする。だが、羽菜の一連の行為が理解出来ない大和は『逃げたくせに！』と罵声を浴びせてしまう。そんな2人に対して櫻井は…。そんな時、杏花が懸念する学園の問題も、ついに公になろうとしていた。
櫻井朔太郎（織田裕二）の3年1組副担任、榎戸若葉（北川景子）は、あることが気になっていた。それは、柴草修平（八嶋智人）から聞いてしまった湘南学館の問題。若葉は、問題の真偽を校長であり母でもある長谷部杏花（戸田恵子）に尋ねる。すると杏花は、問題が事実であることを認め、辞任覚悟でそのことを教育委員会に告発するつもりだと若葉に言う。そして、自分がいなくなった後の残された生徒たちを託すために櫻井を呼んだと告げた。 そんなある日、白崎凛久（北乃きい）はホームルームで、学校伝統の祭り、日輪祭の実行委員長に選ばれる。迷惑がる凛久に、櫻井は全てを任せると言う。その時、いきなり船木真由（前田敦子）が立ち上がり、あと39時間で地球が滅亡すると言い出し、悲鳴を上げて教室から出て行ってしまった。真由が騒いだ時に、凛久は本屋のレシートを拾い、買った本の題名に驚いて…。
櫻井朔太郎（織田裕二）は、榎戸若葉（北川景子）が発見した3年1組の生徒による書き込みと思われるPC掲示板の自殺予告が気になっていた。一方、次原雪乃（大政絢）に一緒に死んで欲しいと懇願された田幡八朗（濱田岳）は、思いとどまるよう説得。その結果、雪乃を裏切らないこと、自殺しようとしたことを誰にも話さないことを約束させられ交際することになる。 二学期がスタートすると、櫻井は掲示板のことを生徒たちに話し、アンケートを募ろうとする。だが、それは神谷龍之介理事長（小日向文世）に阻止され、担任が若葉に代わることも生徒に宣言されてしまう。カリキュラムの問題で神谷に逆らった櫻井は、担任を外されてしまった。 放課後、灯里は八朗と一緒に帰ろうとした。だが、雪乃に呼び出されていた八朗は、灯里を避けてしまう。校門では櫻井が生徒たちに話しかけている。櫻井は、生徒に掲示板のプリントアウトを見せて情報を募っていた。 その夜、若葉は会議室で櫻井を見かける。櫻井はプロバイダーに連絡し、自殺予告の発信元を教えてもらおうとしていた。何も問題はないようだと生徒たちのアンケートを渡す若葉は、次の対策を促す。 櫻井は家庭訪問を始めたが、保護者の間で問題に。理事長室に呼ばれた櫻井は、学内の清掃を命じられてしまう。一方、灯里を気にかけながらも、八朗は雪乃と行動をともにしていた。そんな時、八朗は雪乃と歩いている姿を灯里に見られてしまう。ショックを受ける灯里をフォローしたい八朗だが、雪乃との約束のために何も言うことが出来ない。 八朗は教室でも雪乃と行動をともにすること
櫻井朔太郎（織田裕二）は、次原雪乃（大政絢）をかばって負傷。逃げる雪乃は、田幡八朗（濱田岳）、榎戸若葉（北川景子）と柴草修平（八嶋智人）に保護された。 翌日、八朗は屋嶋灯里（吉高由里子）に雪乃との事情を打ち明ける。櫻井は、雪乃のマンションへ。両親は、櫻井に雪乃を転校させると話す。転校は神谷龍之介理事長（小日向文世）の薦めでもあると。 櫻井は神谷に雪乃の転校反対を訴える。しかし、神谷は、雪乃をカウンセリングのプロに任せるべきだと告げる。櫻井は本気なら、ここはもはや学校ではないと反論するが、神谷は聞く耳を持たない。一方、雪乃の荷物を整理していた若葉は、アンデルセンの『人魚姫』が収録された本を見つける
櫻井朔太郎（織田裕二）の願いもむなしく、田幡八朗（濱田岳）は亡骸となって港に戻ってきた。根岸洋貴（岡田将生）、白崎凛久（北乃きい）、楠木大和（冨浦智嗣）、日垣茂市（鍵本輝）澤水羽菜（谷村美月）、川辺英二（山本裕典）らも港に着くが、八朗の死に言葉を失う。 櫻井は、八朗が持っていたアイスの当たり棒を、海岸で待つ手に屋嶋灯里（吉高由里子）に届ける。灯里は、別れ際に自分が渡した当たり棒を櫻井が持って来たことで八朗の死を悟るが、容易に受け入れることが出来ない。櫻井は、八朗が運ばれた警察署の霊安室に灯里を連れて行く。だが、灯里は八朗の顔をまともに見ることが出来ずに帰ってしまった。 家に帰ったはずの灯里は公園にいた。通りかかった洋貴が灯里を見つけて声をかけると、思いがけない言葉が返ってくる。 次の日、櫻井は次原雪乃（大政絢）の病室を訪ね、八朗の家に行こうと説得。母親は止めるのだが、雪乃は櫻井に従った。 一方、湘南学館では神谷龍之介理事長（小日向文世）がねじ伏せた未履修問題について、数社のマスコミからの問い合わせが入る。会議室では、櫻井と長谷部杏花（戸田恵子）が母親に雪乃を湘南学館に残さないかと提案。教室では雪乃が母を待っていた。その教室に…。
履修不足問題の調査委員会が、湘南学館に乗り込んできた。動揺する生徒たちに、櫻井朔太郎（織田裕二）はこれまでの経緯を説明する。櫻井は今から、放課後に補習を受ければ不足分を補えると話すのだが、受験の追い込みに入った生徒たちは容易に受け入れることが出来ない。 その頃、神谷龍之介理事長（小日向文世）は、調査委員会のメンバーを見送っていた。心配する真山春佳（吉瀬美智子）に、神谷は何も心配ないと告げる。そこに、櫻井と長谷部杏花（戸田恵子）が来た。杏花は、櫻井が作成した補習計画表を提示するのだが、神谷は必要ないと一蹴。神谷は委員会に、受験終了後、未履修教科のレポートを生徒たちに提出させることで卒業資格が得られるよう申請したと言うのだ。櫻井は、不正を誤魔化そうする行為が許せない。何より、生徒を不正に巻き込むことは出来ないと反論。すると、神谷は直接生徒たちの意見を聞こうと櫻井に提案する。 3年1組の生徒たちに、櫻井の補習計画と神谷のレポート提出のどちらを選ぶかが諮られた。生徒たちを信じようとする櫻井の思いとは裏腹な結果が出る。櫻井の意見に賛成したのは、根岸洋貴（岡田将生）、澤水羽菜（谷村美月）と屋嶋灯里（吉高由里子）の3人だけ。白崎凛久（北乃きい）は賛成出来ず、洋貴の行動も理解できなかった。結局、1組は神谷の考えに従うことに。 神谷の言葉どおり、全国的な広がりを見せる未履修問題に関して各県教育委員会は生徒への負担軽減の方向に進む。だが、櫻井は補習にこだわる。櫻井は与田典人（今井ゆうぞう）や赤木保則（池田鉄洋）に補習授業への協力を頼み
