Der Handlungsort des sechsten Kara no Kyoukai Films ist das religöse Internat Reien. Dort kam es in letzter Zeit zu mehreren Zwischenfällen, deren Ursprung "Feen" sein sollen. Azaka lässt sich in das Internat einschleusen, um diesen mysteriösen Fall zu lösen. Sie wird unterstützt von Shiki, die Azaka auf Befehl von Touko bei diesem Fall unter die Arme greifen soll. Diese Hilfe ist allerdings von Seiten Azakas absolut ungewollt und Shikis Anwesenheit wird für Azaka zu einer wahren Geduldsprobe...
Apprentice mage Azaka Kokutou, Mikiya’s younger sister, has been ordered by her mentor, Touko Aozaki, to investigate a certain incident in which fairies steal the memories of students at Azaka's school, Reien Academy. Azaka launches an investigation with the help of Shiki who can see fairies. As the investigation proceeds, Shiki finds out that Misaya Ouji, a student body president, is the one who controls fairies. However, the mastermind who gave her the power is Satsuki Kurogiri, a magus who controls words. Ironically, thanks to Satsuki’s magic, Shiki remembers that she had encountered Souren Araya and what he had told her two years ago.
Janvier 1999. Azaka Kokuto est une apprentie mage de 16 ans au sein de l'école Reien. Elle est la soeur de Mikiya (dont elle est amoureuse) et la disciple de Tohko Aozaki. A ce titre, elle est chargée de mener une enquête au sein de son internat sur la présence d'un mage utilisant des fées. En effet, ce mage serait lié de près ou de loin au suicide de Kaori Tachibana, une élève de 1ere qui, avant de mettre le feu dans le vieux bâtiment où elle se trouvait, se plaignait d'être assaillie par des fées. Mais Azaka n'étant pas pourvue de la "vision mystique", Tohko décide d'envoyer Shiki (qu'Azaka considère comme sa rivale en amour) afin de l'aider dans sa tache.
1999年1月、魔術師見習いである黒桐鮮花は、師である蒼崎橙子にある事件の調査を命じられる。それは鮮花の母校である礼園女学院で、生徒の記憶が妖精に奪われているというものだった。妖精を視ることができる両儀式を連れて学院に戻った鮮花は、さっそく調査を開始する。
黑桐鮮花和兩儀式調查學校裡的離奇事件，並發現遺忘的記憶...
La aprendiz de mago Azaka Kokutou, la hermana menor de Mikiya, recibió la orden de su mentor, Touko Aozaki, de investigar cierto incidente en el que las hadas roban los recuerdos de los estudiantes de la escuela de Azaka, la Academia Reien. Azaka inicia una investigación con la ayuda de Shiki, que puede ver hadas. A medida que avanza la investigación, Shiki descubre que Misaya Ouji, una presidenta del cuerpo estudiantil, es quien controla a las hadas. Sin embargo, la mente maestra que le dio el poder es Satsuki Kurogiri, un mago que controla las palabras. Irónicamente, gracias a la magia de Satsuki, Shiki recuerda que conoció a Souren Araya y lo que le dijo hace dos años.
