灼熱の惑星、ノーマンズランド。人類は水や食料、資源を作り出せる唯一の生体動力炉＜プラント＞を頼りに、砂嵐吹き荒れる不毛の地で、血肉を削り暮らしていた。そんな過酷な世界に、懸賞金600万$$を懸けられた“関われば必ず災厄に見舞われる”人間台風ことヒューマノイドタイフーンと呼ばれるトラブルメーカーがいた。その名を、“ヴァッシュ・ザ・スタンピード”という――。ベルナルデリ通信社のベテラン記者、ロベルト・デニーロと新人記者のメリル・ストライフは、“連続プラント強奪事件”の真相を追い調査を進める中、自分をヴァッシュと名乗る男と出会うが…!?トラブル続きの予測不能⁉な惑星を跨ぐ冒険が幕を開ける!!
たった一発の銃弾でジェネオラ・ロックの街の危機を防いだヴァッシュだったが、今度は600万$$の賞金を知った住民たちから追われることに。街中を逃げ回るヴァッシュたちに、脱獄した凶悪犯ネブラスカ親子まで加わり賞金首ヴァッシュの争奪戦が始まる。『誰も傷つけたくない』と戦うことを避け、ひたすら逃げるヴァッシュ。そんなヴァッシュを追うのを諦めたネブラスカ親子が向かった先は、街の生命線、＜プラント＞だった。プラント強奪の狙いに気づいたヴァッシュは、再び街へと荒野を駆け出す。
ネブラスカ親子によるプラント強奪の騒ぎが解決し、祝杯を挙げる宴が開かれていたジェネオラロック。平穏が訪れたかと思われたのも束の間、突如、数多の自走式爆弾が住民達を襲い、死の脅威が降り注ぐ。爆弾魔E・G・ザ・マインの犯行であることを突き止めたヴァッシュ達は、メリル、ロベルトらと協力し合い爆弾の停止に向かうが、そこにある男が現れ…
プラントを強奪し無残にも街を破壊したナイヴズを追い、第三都市ジュライを目指すヴァッシュ。メリルとロベルトは記者としてヴァッシュの取材を継続することを決意する。取材用の車で砂漠を横断する一行は道中で、葬儀屋だと語る謎の男と出会う。布にくるまれた大きな十字架を抱え、砂漠には見合わぬ黒スーツに身を包み、裸足で靴を履いた正体不明の男は“ニコラス・D・ウルフウッド”と名乗っていた。
ニコラスが仲間に加わり、にわかに賑やかになったヴァッシュ達の旅路。引き続きナイヴズの後を追う一行は、赤い砂漠に佇む辺境の村、"風車の村"に立ち寄る。風も吹かず、役目を果たさぬ風車。人影もなく廃墟と思われたが、突如、巨大な殺気がヴァッシュに襲い掛かる...
第三都市ジュライを目指し、砂の海を横断する船・サンドスチームへ乗り込むヴァッシュとニコラス。無事に出航したと思われた矢先、ヴァッシュたちの前に新たな刺客リヴィオが現れる。激しい銃撃戦が繰り広げられる中、ニコラスは自らの過去を思い出す。
自我を失った暗殺者・リヴィオの暴走を食い止めるべく、共闘するヴァッシュとニコラス。銃弾飛び交う船上にはバド・ラド団の襲撃が重なり、激しさを増す一方。そんな渦中、第三都市ジュライに向けて出航していたサンドスチームが、何者かにより航路を変え、ニコラスの故郷”ホープランド”へ暴走を始める。
遥かな昔、新たな惑星を求めて移動していた人類の移民船に突如緊急事態が発生した。レムの助けによって脱出艇でノーマンズランドに降り立った少年ヴァッシュと少年ナイヴズだが、ヴァッシュは果て無い砂漠を彷徨い、遂には気を失ってしまう。
ルイーダとブラドのもとで暮らすヴァッシュ。一方、ナイヴズは移民船団の集団墜落、大墜落＜ビッグフォール＞を生き延びた、研究組織シナーズのリーダー、コンラッドと動きを共にしていた。そんなある日、復興を急ぐ集落の施設で生体動力炉”プラント”に異常が発生。真っ赤に染まったプラントの光の下、道を違えた双子が再び会する。
メリルとロベルトはザジに第三都市・儒来へと連れ去られてしまう。そこで二人は人類がなぜここ、ノーマンズランドに来たのかを知る。シナーズの元リーダーであり、ミカエルの眼のもとで人体の改造を繰り返す研究者コンラッドも現れ、人類の犯した過ち、そして彼らの目指す計画のすべてが明かされる。 時を同じくして、ヴァッシュとニコラスはナイヴズの待つ儒来タワー最上階へとたどり着く。終わりない旅の果てに、待ち受ける運命とは――。
ナイヴズの思惑に嵌められ、巨大な水槽へと落ちるヴァッシュ。プラントにアクセスする溶液で満たされた水槽の中、ナイヴズはヴァッシュの記憶世界へ強制的に入り込んでいく。人々に忌み嫌われながらも、人類を愛し護り続けたヴァッシュ。彼を支えていた大切な記憶とは――。 そして、ヴァッシュの後を追い、引き返してきたメリルは、信じられない光景を目の当たりにする。
テスラの真実を知ってしまったが故に、互いの宿敵となりぶつかり合う運命に至った双子の兄弟。150年もの間旅を続け、惑星の人間たちを愛し護り続けたヴァッシュ。被虐される同胞・プラントを救うべく人類への復讐を遂行するナイヴズ。 それぞれの正義が、儒來の街を貫く。終わり無い旅の果てに、待ち受ける運命とは――
大都市“儒來”が一夜にしてクレーターと化した大事件＜ロスト・ジュライ＞。首謀者として600億＄＄という前代未聞の懸賞金がかけられたヴァッシュ・ザ・スタンピードは事件以来、行方不明となっていた。事件から２年半が経ち、メリルは記者としてたくましく成長。後輩のミリィ・トンプソンとともにヴァッシュの行方、そして半年前から再び起こりはじめた”連続プラント強奪事件”にミリオンズ・ナイヴズの影を感じ、調査を始めていた。そんな中、地球からの巨大移民船団接近の知らせが降り注ぎ、住人たちは歓喜に包まれる。
約150年前の宇宙移民船団墜落事件＜ビッグ・フォール＞以来、ヴァッシュが青年時代を過ごした元移民船３番艦・通称“ホーム”。そのホームが突如何者かの襲撃を受け、あっという間に支配されてしまった。ホームに住む少女・ジェシカは仲間たちからヴァッシュを連れてくる使命を託され、ヴァッシュの義手に仕込まれている発信機を頼りに儒來郊外の町でホッパードという男と出会う。彼は、記憶を失い虚ろな瞳をしたエリクスという青年を保護していた。
＜ロスト・ジュライ＞以降、行方不明となっていたヴァッシュの目撃情報を掴んだメリルたち。奇跡的に再会したニコラス・Ｄ・ウルフウッドとともに、ヴァッシュの痕跡を追うため、ホームへと向う。そのころ、ヴァッシュはジェシカとともに仲間を救うため窮地へと陥ったホームへと足を踏み入れていた。そこにはナイヴズからの刺客、不気味な力で襲い来るレオノフ・ザ・パペットマスターが待ち構えていた。
ニコラス、そしてメリルにミリィも加わり、ヴァッシュはつかの間の穏やかな時間をホームで過ごしていた。一方、＜ロスト・ジュライ＞で肉体を失ったミリオンズ・ナイヴズの復活を目論むコンラッドたちは、ロストテクノロジーで作られた飛行船「方舟」でプラントの強奪と大量虐殺を繰り返していた。大地を血で染め続ける彼らはホームにある大量のプラントを狙うべく、新たな刺客を送り込んでくる。
方舟によるホーム襲撃に先駆け、ヴァッシュを捕らえに来たミッドバレイ・ザ・ホーンフリーク。いまだ万全ではないヴァッシュに代わり、ニコラスはホーンフリークとの戦いを買って出る。恐怖からナイヴズへ従い続けるホーンフリークと自らの意思でその支配下から離れたニコラス。ニコラスは説得を試みるも届かず、ホーンフリークの音速の攻撃が襲い掛かり、激闘が繰り広げられる。
降り注ぐミサイルの雨により、方舟によるホームへの本格的な襲撃が狼煙を上げる。ホームを隠し守っていた砂嵐のシールドも、かつて移民船団の研究機関に所属していたコンラッドにより破られ、レガート・ブルーサマーズたちの侵入を許してしまう。ロストテクノロジーによって強化されたレガートの猛攻に苦戦を強いられるヴァッシュ。そしてついに、“復活の時”が訪れる。
ヴァッシュが方舟に捕らえられてから5か月が経った。依然、各地ではプラント強奪事件が発生し続け、人々は恐怖に脅えながらも、唯一の希望である地球からの移民船団の到着を心待ちにしていた。ホームを拠点に取材をしながらヴァッシュを探し続けるメリルとミリィは、その騒然とした様子に不安を覚える。一方、方舟で対峙するヴァッシュとナイヴズは旧友・テスラの記憶を語り始める。
