| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S02E01 | 光なき世界 ダークシンクロ 氷結のフィッツジェラルド！ |
October 1, 2008
TV Tokyo
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| S02E02 | すべてを呑みこむ闇 不滅のダークシグナー |
October 8, 2008
TV Tokyo
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| S02E03 | 迫りくる脅威！ ダークシグナー牛尾!? |
October 15, 2008
TV Tokyo
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| S02E04 | わが名はクロウ！ 飛べブラック・バード |
October 22, 2008
TV Tokyo
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| S02E05 | 故郷と仲間 再会のタッグ・ライディング！ |
October 29, 2008
TV Tokyo
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| S02E06 | 自由の象徴 ダイダロスブリッジ |
November 5, 2008
TV Tokyo
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| S02E07 | 復讐の劫火！ かつての友 鬼柳京介 |
November 12, 2008
TV Tokyo
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| S02E08 | ダークシンクロ！ いでよ ワンハンドレッド・アイ・ドラゴン |
November 19, 2008
TV Tokyo
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| S02E09 | 戦慄！ 地縛神コカパク・アプ |
November 26, 2008
TV Tokyo
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| S02E10 | 勇気と力をドッキング！ シンクロ召喚！パワー・ツール・ドラゴン |
December 3, 2008
TV Tokyo
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| S02E11 | 潜入！アルカディアムーブメント 私のターンなんだから！ |
December 10, 2008
TV Tokyo
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| S02E12 | 蘇りし魂 燃えさかる新たなるジオグリフ |
December 17, 2008
TV Tokyo
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| S02E13 | 降臨！ 2体の地縛神 |
December 24, 2008
TV Tokyo
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| S02E14 | 戻れない過去 閉ざされた心の扉 |
January 7, 2009
TV Tokyo
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| S02E15 | 悲しみ故の憎悪！ 受け止めろ スターダスト・ドラゴン |
January 14, 2009
TV Tokyo
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| S02E16 | 集結！ 赤き竜の戦士たち！ |
January 21, 2009
TV Tokyo
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| S02E17 | それぞれの決意 心から信じられるもの |
January 28, 2009
TV Tokyo
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| S02E18 | 神風を巻き起こせ！ブラックフェザー・アームズ・ウィング |
February 4, 2009
TV Tokyo
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| S02E19 | 対決！ 蜘蛛の痣をもつ男 |
February 11, 2009
TV Tokyo
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| S02E20 | 17年前の真実 隠されたダークシグナーの罠 |
February 18, 2009
TV Tokyo
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| S02E21 | 猿の地上絵の痣を持つ男 |
February 25, 2009
TV Tokyo
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| S02E22 | マイナスワールド 白き獅子レグルスを探せ |
March 4, 2009
TV Tokyo
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| S02E23 | マイナスをつかさどる王 猿魔王ゼーマン |
March 11, 2009
TV Tokyo
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| S02E24 | マイナスの呪い 捕らわれたエンシェント・フェアリー・ドラゴン |
March 18, 2009
TV Tokyo
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| S02E25 | 転生せよ！限界突破のライディング・デュエル |
March 25, 2009
TV Tokyo
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| S02E26 | カードが紡ぐ想いの果てに |
April 1, 2009
TV Tokyo
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| S02E27 | 吹きすさべ嵐 ブラックフェザー孤高のシルバー・ウィンド |
April 8, 2009
TV Tokyo
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| S02E28 | ラストデュエル！チームサティスファクション |
April 15, 2009
TV Tokyo
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| S02E29 | 仲間たちの想い、救世竜セイヴァー・ドラゴン |
April 22, 2009
TV Tokyo
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| S02E30 | 17年前の誓い モーメントが導く運命 |
April 29, 2009
TV Tokyo
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| S02E31 | 心の闇 残された最後の希望 |
May 6, 2009
TV Tokyo
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| S02E32 | その先にある運命！ 地獄の覇者ダークキング |
May 13, 2009
TV Tokyo
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| S02E33 | 孤高の光 セイヴァー・デモン・ドラゴン |
May 20, 2009
TV Tokyo
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| S02E34 | サッド・ストーリー～悲しみの記憶～ |
May 27, 2009
TV Tokyo
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| S02E35 | 真実の果てに |
June 3, 2009
TV Tokyo
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| S02E36 | 最後の戦い！２つの神をもつ男 |
June 10, 2009
TV Tokyo
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| S02E37 | 最強の地縛神！ウィラコチャ・ラスカ！ |
June 17, 2009
TV Tokyo
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| S02E38 |
オレたちの未来へ！
season finale
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June 24, 2009
TV Tokyo
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