After falling through a time-slip, Yusei Fudo (who has just had his powerful card stolen by a mysterious stranger) meets with Judai Yuki and Yugi Muto, who agree to help Yusei defeat the evil Paradox, who is planning to destroy Pegasus before he can invent Duel Monsters.
Después de caer en un salto en el tiempo, Yusei Fudo (a quien un misterioso extraño le acaba de robar su poderosa tarjeta) se encuentra con Judai Yuki y Yugi Muto, quienes aceptan ayudar a Yusei a derrotar al malvado Paradox, quien planea destruir a Pegasus antes que él puede inventar Duel Monsters.
Jaden si trova a Venezia, mentre scappa da un personaggio misterioso che lo attacca con Cyber Drago Finale, Drago Arcobaleno e un terzo drago misterioso. Per difendersi Jaden evoca Neos Eroe Elementale.
Nel frattempo, a Nuova Città di Domino, Yusei, Jack Atlas e Crow Hogan stanno facendo un duello Turbo, quando compare il personaggio misterioso che sfida Yusei a duello; non appena quest'ultimo evoca Drago Polvere di Stelle, il drago viene assorbito da una carta dell'avversario, il quale sparisce nel nulla. Privato del suo mostro più forte, Yusei torna nella sua officina con Jack e Crow. I tre vengono raggiunti da Leo, Luna e Akiza, che mostrano loro un articolo risalente a diversi decenni prima dove Yugi veniva premiato dal creatore di Duel Monsters, Maximillion Pegasus, seguito da un altro articolo dove Drago Polvere di Stelle portava scompiglio in Europa. Mentre realizzano che il drago si trova nel passato, la città inizia a sgretolarsi sotto i loro occhi.
Yusei Fudos Karte „Sternenstaubdrache“ wird von einem mysteriösen Duellanten namens Paradox gestohlen. Zudem will Paradox den Erfinder von Duel Monsters, Maximillian Pegasus, töten. Yusei reist in die Vergangenheit, um mit Jaden Yuki und Yugi Muto gemeinsam gegen Paradox anzutreten und seine Karte zurückzuholen. Das Team muss den Mord von Pegasus verhindern.
