Nach seiner Niederlage gegen Veit, den Arena-Leiter von Erzelingen, arbeitet Ash an einer Strategie für seinen Rückkampf. Doch plötzlich stellen unsere Helden fest, dass Team Rocket einen Fossil-Restaurator aus dem Museum gestohlen hat, mit dem Ur-Pokémon wieder zum Leben erweckt werden können. Leider haben sie dabei übersehen, das sich ein Aerodactyl in der Maschine befindet, das sich jetzt mit mächtigem Gebrüll wieder ins Leben stürzt und seine Wut austobt, in dem es Erzelingen verwüstet. Gleichzeitig gelingt es einem Kabutops und einem Armaldo aus dem Museum zu flüchten. Sie versuchen das wütende Aerodactyl aufzuhalten, aber selbst mit der Hilfe von Veit, Ash und Rocko gelingt es ihnen nicht. Doch dann erscheint Lucia. Mit der Unterstützung von Haspiror und Plinfa kann sie die Schreckensherrschaft von Aerodactyl beenden und es in seinen Pokéball schicken. Nach dieser Erfahrung mit Aerodactyl hat Ash das Gefühl, viel gelernt zu haben. Er bittet Veit um einen Rückkampf und dieser willigt ein.
Ash begins training with Brock for his re-match against Roark. Dawn decides to train for her next contest. Meanwhile, Team Rocket finally steals the fossil machine from the museum, hoping to resurrect tons of fossil Pokemon for Giovanni. When the first fossil is regenerated, the Aerodactyl flies away and begins to terrorize Oreburgh City. Soon, a Kabutops and Armaldo break free from the museum and join Aerodactyl in the rampage. Now, it is up to Ash, Dawn, Brock, Roark, and Officer Jenny to stop them.
Luego de su derrota contra Roark por su primer medalla, Ash necesita entrenar duro con sus pokémon para lo que será su revancha. Mientras tanto, el Equipo Rocket se roba una maquina para revivir fósiles.
健闘したものの、ジムリーダー・ヒョウタの前に惜しくも敗れたサトシ。ヒカリは、カントーやジョウト地方でゲットしたポケモンたちでの再挑戦を勧めるが、サトシは「絶対にシンオウでゲットしたメンバーで勝ってみせる」と言い張る。そこでタケシはサトシにある練習法を提案する。そして、時を同じくして街の炭坑博物館では、古代ポケモンが大暴れをはじめて大パニックに！いったい何が起こったというのか！？
