国連の火星観測基地で6カ月間の宇宙生活を体験するため、コズミック・カルチャー・クラブの生徒たち16名と引率のエリザベスが火星に到着。到着を歓迎される生徒たちだが、そのとき緊急事態が発生。基地周辺で、正体不明の青いSPTが3機のSPTと戦っていたのだ。3機のSPTは基地を攻撃し、子供たちは6名を残して全員が死亡。生き残った者たちは地下へと逃げ延びるが、そこへ現れたのは先ほどの青いSPTのパイロット・エイジだった。
グラドス星が地球を狙っていることを知らせるため、やって来たと語るエイジ。しかし生き残った者たちは異星人の存在自体理解しておらず、エイジの言葉も信じようとしない。そこへ、3機のSPTが再び襲来。その指揮を執るゲイルは、グラドスへ戻るようエイジを説得する。ゲイルにとってエイジは、恋人・ジュリアの弟だったのだ。だがエイジは自らを盾にして基地を守り、その姿を見たアンナの心にかすかな信頼を芽生えさせるのだった。
帰投したゲイルは追撃隊長の任を解かれ、後任には非道なゴステロが就くことに。一方火星基地では、隊員に尋問されたエイジが闇に葬られた月着陸計画・X計画について語っていた。その計画で行方不明になったパイロットのケン・アスカとグラドス人の間に生まれたのが、エイジだったのだ。グラドスは地球支配のため、米ソを衝突させる計画を進めている……一刻も早く地球へ伝えようと焦るエイジを、隊員たちは独房に入れるのだった。
ゴステロの猛攻を退けたものの、核反応炉を暴走させたことで国連基地は崩壊。この場で敵をひき付けるというエイジを残し、一同は車で米軍基地へ向かうことに。しかし子供たちは、エイジを一人残して行くことに後味の悪さを感じていた。その頃エイジは、ゴステロ隊の再襲撃を受けることに。エイジはゴステロの部下・ガステンを捕えて人質にし、退却を要求。しかしゴステロはガステンの命など全く意に介さず、攻撃を続ける。
子供たちの乗る車を、地球人掃討を命じられたゴステロの部下・ロベリアが追撃。しかし危ういところでエイジに救われ、一同はアメリカの観測ステーションに一時身を隠す。そこへ、目的地である米軍基地からの通信がかすかに入り、一同は希望の光を感じるのだった。一方ゴステロは、ガステンを殺したのはエイジだとロベリアに告げると、基地へ向かおうとする地球人を一人ずつ射殺し始める。まるで、人殺しを楽しむかのように……。
ようやくたどり着いた米軍基地は、一同の目前で核ミサイルによって火の海と化した。ゴステロは生き残った地球人の掃討をロベリアに命令するが、標的の中に子供がいることにロベリアは躊躇いを隠せない。一方エイジは、敵の注意を自分に向けるためにゴステロの非道なやり口を非難。これを聞いたロベリアは、ガステン殺しがゴステロの仕業だと知る。その頃子供たちは、かすかな希望を胸に核シェルターのある基地地下へ向かうが……。
2つの大国にミサイルを同時に撃ち込み、報復による共倒れを狙う——グラドス本隊は火星での実験を終え、ついに地球への侵攻を開始する。ゲイルは再びエイジ討伐の任務を命じられるが、これを知ったゴステロはゲイルの部下と入れ替わり、討伐隊に潜入。彼は自らの部下殺しが公になる前に、ゲイルとエイジを殺すつもりなのだ。一方、生き残った子供たちはエイジのシャトルで火星を調べるが、ソ連基地にも生存者はいなかった……。
無人観測基地の子供たちを守るため、エイジは追手のゲイル隊と対峙。ゲイルの口から兵士殺しの罪を着せられていることを知ったエイジは、己が無実を主張する。が、これに慌てたゴステロは突如ゲイル機を攻撃し、さらにもう一機を撃墜。だがゲイルは意識を失う直前、「ゴステロを殺すな」とエイジに告げる。エイジの潔白を証明するには、ゴステロの証言が不可欠なのだ。だがゴステロは、動けないゲイル機を執拗に狙い続ける……。
負傷療養中のゲイルの許可を得て、カルラ少尉が出撃。一方エイジは、ゴステロを——初めて人を殺めたことに苦悩していた。それを察したエリザベスは、エイジ一人が戦うことに限界を感じ、皆にSPTの操縦を教えて欲しいとエイジに頼む。エイジは子供たちと訓練を開始するが、そこへカルラ隊が強襲。空と地上から挟撃され追い込まれるレイズナーだが、エイジはどうしても相手を殺すことができず、自ら武器を捨ててしまうのだった。
なぜ武器を捨てたのかデビッドに問われるも、何も答えないエイジ。そんなエイジに、エリザベスは地球への報告書を作るよう勧める。一方SPTの戦闘を通じて互いを認め合ったデビッドとロアンは、過去のエイジの戦いを基に訓練を開始。そこで二人は、エイジが武器を捨てた真の理由を知るのだった。その後シモーヌとアンナが作ったシチューのおかげで、初めて打ち解けるエイジと子供たち。そこへ、雪辱に燃えるカルラが強襲を掛ける。
エイジたちを追い込みながら、突如撤退するカルラ隊。不思議がるエイジたちだが、そこに米軍基地を呼ぶ通信が！ 米軍定期輸送船・アストロホークⅡの電波をキャッチしたエリザベスたちは、異星人の介入によって米ソ両軍の基地が壊滅したことを説明し、救助を要請。これを聞いた隊長のダニー少佐は、ともかく異変を確かめるためシャトルで火星へ向かう。ところがアストロホークⅡとシャトルは、カルラ隊に包囲されてしまった！
今宇宙に出るのは危険だというエイジの言葉を信じ、火星に残った一同。その言葉通り、グラドスはアストロホークⅡを襲撃。ダニー少佐は自ら艦を爆破させ、駆けつけたエイジたちによって救出された。その後少佐はエイジの報告書で全ての事情を知るが、それでもエイジを理解しようとはしない。エイジに銃を突き付けた少佐は、現在接近中の宇宙軍まで送り届けるよう強要。しかしその場の全員が、エイジと共に行くことを選ぶのだった。
ゲイル隊を振り切り、地球へと向かうエイジのシャトル。と、そこへ火星調査の任務を帯びた米軍艦3隻が現れた。少佐はシャトルの収容と進路の変更を要請するが、艦長は少佐の話に耳を貸そうとせず、要求を拒否。結局艦隊は火星への軌道上でゲイル隊と出くわし、殲滅されてしまった。続いて現れたソ連の艦は、シャトルの受け入れを許可。大喜びする一同だが、ソ連軍はエイジと少佐を拘束。そこへゲイル隊の激しい攻撃が始まり……。
ダニー少佐を失いながらも、ようやくソ連艦からの脱出に成功したエイジたち。しかし追手のゲイル隊は、すぐそこまで迫っていた。レイズナーで発進するエイジだが、すでにエネルギーの残量は乏しく、もはや反撃も逃走もできない……。ゲイルはエイジたちのシャトルを捕えて艦に収容すると、エイジを説得した上で、できれば少年たちの命も救おうと考える。しかしその真意を理解できないカルラは、少年たちを殺そうとするのだった。
何とかゲイル艦から脱出して、月へと向かうエイジたち。しかし月を目前にして、シャトルはゲイル隊に追い付かれてしまう。やむなく迎撃しようとするエイジたちだが、そこへ突如地球艦隊の応援が現れる。歓喜に沸く子供たちだが、ゲイル隊は地球艦隊を瞬く間に全滅させてしまった。ついに一騎打ちとなる、エイジとゲイル。しかし追い込まれたレイズナーは、「V-MAX」を発動。ゲイルの死に、エイジの慟哭が宇宙にこだまする……。
制御不能な「V-MAX」の力によりゲイルを殺してしまったエイジは、深い悲しみの中にいた。少年たちはそんなエイジを気遣いながらも、月への着陸のために各基地へ通信を送るが、月からは何の返答もない。やはり月も、すでに廃墟と化していたのだ。かつての月を知るデビッドは、状況を探るためエイジと共にSPTで探索へ出ることに。しかし廃墟かと思われた地下街の奥で、エイジとデビッドは何者かからの砲撃を受ける!!
地下街の奥で生き残っていたのは、エリザベスのかつての恋人・クレイトンと８人の子供たちだけであった。センサーで生物を攻撃する無人SPT・スカルガンナーに襲われたエイジたちは、反撃を開始。しかしその途中で、エリザベスや生き残りの子供たちとはぐれてしまう。一方エリザベスは、視力を失っているクレイトンや子供たちを庇いながらシャトルへと向かうが、迷い込んだ資材置き場でスカルガンナーに発見されてしまう……。
生き残りの子供たちとクレイトンを収容したシャトルは、約１時間後に地球へと出発することに。ところがその間に薬を探そうと医療センターへ向かったエリザベスが、スカルガンナーに発見されてしまう。知らせを受けたデビッドたちによってエリザベスは無事救われるが、終結したスカルガンナーは猛攻を開始。出発時間の迫る中、エイジはデビッドたちをシャトルへ戻すと、ある考えの元に単身スカルガンナーの群れに挑むのだった。
月を脱出したシャトルは、レーザー衛星の妨害を交わしながらついに大気圏へと突入。エリザベスの通信に最初に応じたのは、国連本部のジョン・ギルバート博士であった。ギルバートが父・ケンの親友だったと知って、エイジは子供たちと共に地球にたどり着いた喜びを噛み締める。しかしそのとき、背後にはグラドスの追手が肉迫。その中に赤いグライムカイザルを発見したエイジは、搭乗者はゲイルではないかと激しく動揺する。
異星科学の独占を目論む米軍は、シャトルを自軍基地に誘導。子供たちは執拗な取り調べの果てに解放されたが、エイジだけは依然拘束され続けていた。そんな中、国連本部を退職したエリザベスは皆に別れを告げ、アーサーも故郷へ帰ることに。しかしシモーヌは迎えに来た秘書を追い帰し、アンナは彼女のエイジへの秘めた想いを感じ取るのだった。一方、軍の技師に解体されかけたレイズナーは、無人のまま「V-MAX」を発動させる。
ついに始まったグラドスの攻撃により、ニューヨークは壊滅。アメリカ全土で戒厳令が敷かれる中、エリザベスやアーサーは空軍基地に連れ戻されてしまう。その頃基地では、ようやく解放されレイズナーに乗り込んだエイジが、コンソールに銃を向けていた。彼は、レイズナーの中にレイ以外の何かが潜んでいることに気付いたのだ。レイに代わって現れたフォロンは、エイジの父・ケンが託した「グラドス創世の秘密」を語り始める……。
グレスコと直接交渉するためグラドスの母艦へと急ぐエイジだが、その行く手をブラッディカイザルが遮る。ゲイルが搭乗者かも知れないと思うエイジは戦うことができず、「V-MAX」で逃走。しかしブラッディカイザルに乗っていたのは、実はエイジの姉・ジュリアであった。一方エイジは、人命よりも伝承保護を優先するフォロンと対立。「僕こそ伝承の証明だ！ それを認めないなら殺せ！」というエイジの叫びに、フォロンは沈黙する。
接近するミラー衛星を破壊するも、ブラッディカイザルを操縦するのが姉・ジュリアだと知り、ショックを受けるエイジ。しかしジュリアはゲイルの仇を討つことしか考えず、エイジを執拗に攻撃する。しかし味方であるギウラ隊の弾を受け、ブラッディカイザルは海中へ没した……。一方グラドスの地球侵攻作戦によって、世界の各地で被害が拡大。米ソ両陣営の艦隊も壊滅し、もはや反撃の手段はエイジたちのシャトルとSPTしかなかった。
ミラー衛星破壊のためシャトルで出発したデビッドたちは、道中でエイジと合流。そこへ米ソ両軍パイロットからの連絡が入り、デビッドたちはようやく地球が一枚板になったことに感動する。しかしグラドスとの戦力差は歴然としており、シャトルを護衛していた戦闘機群は次々と撃墜。エイジとデビッド、そしてロアンは、奇跡を信じてSPTで出撃する。やがて「V-MAX」を発動させてグレスコ艦へ突撃したエイジを、眩い光が包み……。
第１〜24話の総集編。西暦1996年。国連によるコズミック・カルチャー・クラブの第一次メンバーに選ばれた子供たちは、火星に到着した途端戦火に見舞われた。グラドス軍の侵略を伝えに来たエイジは、子供たちを守りながら地球へ到着。しかし彼らを収容したアメリカ軍は、エイジを捕虜扱いしレイズナーを調査する。そんな中、エイジはレイズナー内部に隠されたフォロンから、グラドスと地球の隠された関係を聞かされるのだった……。
エイジ・アスカのこれまでの道程が語られる、第１〜24話までの総集編。グラドス人と地球人のハーフとして生まれたエイジ・アスカは、地球侵略を目論むグラドスから脱走。レイズナーを始めとするSPT３体とシャトルを奪って地球へと向かうが、火星でグラドスの追っ手と遭遇。SPT同士の戦闘が始まり、火星の国連基地では多くの人々がその巻き添えとなる。辛うじて生き延びた子供たちは、エイジと運命の出会いを果たすのだった。
エイジたちがグレスコ艦に挑んでから、早３年——地球を制圧したグラドスは、アメリカに統治本部を設置。優秀なグラドス文化を定着させるため、図書や美術品を始めとする地球文化を次々と抹消していた。その頃17歳に成長したアンナは、密かに抵抗組織に参加。レジスタンスとして地下活動を続けていたが、デビッドと共に矯正隊に捕えられてしまう。が、そこに突然現れた浮浪者に、アンナとデビッドはエイジの面影を見るのだった。
グレスコの息子であるル・カインが、新たな総司令官として地球に着任。ゲリラたちは暗殺計画を実行するが、替え玉に気付かず全滅。満足したル・カインは、街頭で「地球の幸せとは、グラドスに支配されること」と語り始める。しかしアンナやエイジは、その演説に堂々と異を唱えるのだった。グレスコと接見したル・カインは、地球文化矯正政策の不徹底を正すべく、ニューヨーク図書館とメトロポリタン美術館を焼こうとするが……。
矯正隊の襲撃を逃れたアンナらは、新たな隠れ家へ移動。そこで地下新聞の記事を見たエイジは、街へ向かう。折しも街には、無抵抗主義で地球とグラドスの共存を説く「クスコの聖女」の一団が到着。エイジの想像通り、聖女の正体は姉のジュリアであった。彼女の神秘的な瞳に気圧され、矯正隊もその歩みを止めることができない。と、そこへル・カインと共に死鬼隊が登場。死鬼隊に加わっていたゴステロは、ジュリアを辱めようとする。
３年前に散り散りになった仲間たちの再会を提案する差出人不明の手紙が、アンナ宛に届いた。その招待状はヨーロッパのグラドス支局で働くアーサーや、社交界で活躍しながらレジスタンスに協力するシモーヌの元にも届く。急きょ転任が決まったアーサーはシモーヌと共にアメリカへ向かうが、グラドスタワーで彼を待っていたのはロアンだった。再会を喜ぶアーサーは、ロアンがグラドス側に付いたとは知らず、手紙を見せてしまう。
アーサーから「修復されたベイブルが第三居住区に運び込まれた」と聞かされたデビッドは、罠だと知りつつもベイブルの奪還を決意。何とか格納庫に潜入したデビッドとシモーヌは、コクピット内に潜んでいたゴステロを辛うじて撃退し、ついにベイブルの奪還に成功する。しかしル・カインは、ベイブルに時限爆弾を仕掛けていた。その頃地球製SPTのテストを終えたエイジは、デビッドたちの危機を知ってレイズナーを発進させる。
グレスコに謁見したジュリアは、地球の民と手を取り合うよう進言。しかしル・カインは彼女の言葉を否定し、グラドスと地球の代表による一騎討ちで是非を決めようと提案する。もし地球人の代表が現れなければ、あるいは負けてしまったら、ジュリアはその場で処刑されてしまうというのだ。これを知ったデビッドは、エイジに頼み込んで地球製SPTの地下工場へ連れて行ってもらうと、未完成のSPTを強奪してジュリアの救出へ向かう。
ル・カインの逆鱗に触れたゴステロだが、ジュリアが庇ったために何とか処刑は免れ投獄されることに。しかしゴステロは機械製の左腕の部品を使って脱獄すると、格納庫から自分のSPTを奪取。そのまま聖女隊のキャンプへ向かい、ジュリアを誘拐してしまう。これを知ったル・カインは死鬼隊にゴステロの討伐を命じるが、なぜかジュリアのことが気になる自分に苛立つ。一方報せを受けたエイジは、ゴステロの潜伏先を探し当てるが……。
エリザベスたちは地下秘密工場の移転を急いでいたが、あと少しというところで敵が襲来。ル・カインは、レジスタンスが核シェルターをSPT工場として利用していると見抜いて場所を特定し、死鬼隊を向かわせたのだ。エイジは仲間たちを逃がすと、単独で応戦を開始。しかしレイズナーとゴステロの戦闘を分析した死鬼隊は、周囲に浮遊機雷をばらまいて「V-MAX」を封じ、レイズナーを着実に追い詰める。そこへゴステロが乱入し……。
ル・カインは、エイジを逃がした死鬼隊の一人・ゲティを処刑させると、今やレジスタンスのシンボルとなったアンナの始末を決定。彼女の捜索を、ギウラに命令する。その動きを察知したアンナたちは、ノースロッドへ移ることに。だがギウラは市民を次々と拷問し、ついに潜伏場所が突き止めてられてしまった。アンナを救うため、ノースウッドへ急ぐシモーヌ。だがそこには、すでに死鬼隊が迫っていた。エイジはアンナを救えるのだろうか？
グラドスが密かに南米の遺跡を発掘しているという情報を掴んだエイジは、アンナと共に現場へ向かうことに。そこでは、エイジを仇と狙うカルラが調査隊を率いていた。エイジは変装して発掘場に潜り込むが、アンナが捕えられてしまいやむなく応戦。逃走するエイジとアンナ、そして二人を追うカルラは、誤って地下遺跡へ落ちてしまう。カルラの執拗な攻撃を避けながら遺跡内部を行く内に、エイジたちは謎の祭壇を発見するが……。
アーサーから、「V-MAX」の権威者がグラドス本星からサンプルを持ってやって来るという情報が入った。これを知ったデビッドたちは、グラドス軍の増強を阻止するため輸送中の襲撃を決定。だがこの動きを察知したル・カインは、輸送部隊を囮とすり替えてレジスタンスをおびき寄せる。デビッドたちの危機を知ったエイジは現場へ急行するが、そこへ「V-MAX」を搭載したSPTガッシュランが出現。「V-MAX」同士の戦いは熾烈を極める。
自らの愛機・ザカールにも「V-MAX」が搭載されていたと知り、ル・カインは操縦訓練を開始。一方さらわれたジュリアの居場所を探るため、エイジはアーサーの手引きでグラドス・タワーへ潜入。訓練装置越しにル・カインを問い詰めるが、兵士に発見され脱出を余儀なくされる。エイジを取り逃がしたル・カインは、今回の一件でレイズナーに重大な秘密が隠されていることを確信。エイジをおびき寄せるため、偽の情報を流すのだった。
アンナたちレジスタンスは、グラドスの刻印を守るため南米のナスカ平原に集結。しかしル・カイン軍の戦力は圧倒的で、レジスタンス軍はクスコの遺跡まで後退を余儀なくされる。その頃グラドスの司令室では、ル・カインが指揮系統の全権をロアンに譲り渡していた。指揮シートに座ったロアンは、全軍に撤退を命令し本部タワーを制圧。ル・カインはザカールを駆り、大気圏を突破し宇宙へ向かったグラドスの刻印とレイズナーを追う。
第26〜37話の総集編。西暦1999年。エイジたちがグラドス軍の母艦に突撃してから３年、地球はグラドスの支配下となっていた。逞しく成長したエイジは、レジスタンスとなったアンナやデビッドと共にグラドスと戦う。一方グラドスには、総司令グレスコの息子であるル・カインが着任。平和主義に目覚め「クスコの聖女」と呼ばれるようになったジュリアと、大いなる過去の遺産「グラドスの刻印」を巡って、エイジとル・カインが激突する！
致命的なダメージを受けたレイズナーは、フォロンを含む心臓部を地球製のニューレイズナーへ移植することに。一方グラドス創世の秘密を知ったル・カインは、激高のあまり父・グレスコを射殺。占領軍司令官の座に就くとロアンを自らの右腕に抜擢し、さらに自らの理想郷を実現するためにステーション衛星を破壊し、グラドス本星とのパイプを絶ってしまう。一方エイジらはジュリアと共にクスコへ赴き、刻印の真の意味を知るのだった。