宇宙暦796年、帝国暦487年、アスターテ星域に於て、銀河帝国軍と自由惑星同盟軍は対峙していた。戦力比は帝国軍２００００隻に対し、同盟軍４００００隻。誰もが同盟軍の勝利を疑わなかったが、帝国軍司令官ラインハルト・フォン・ローエングラムは、諸提督の反対を押し切って、戦闘宙域に集結する前の同盟軍各艦隊の各個撃破に出、劣勢をはねかえす。第四艦隊、第六艦隊を瞬く間に葬り去った帝国軍は、残る第二艦隊に矛先を向ける。しかし、そこにはラインハルトの戦略を見抜く、ヤン・ウェンリーの存在があった…。
今や勝利に疑いのない帝国軍は、優勢を跳ね返されて士気の落ちる同盟軍第二艦隊に総攻撃をかける。不意を突かれた同盟軍は、旗艦パトロクロスまでも被弾し、パエッタ司令官が負傷する。彼から指揮権を委譲されたヤンは、完全勝利のため中央突破を図るラインハルトの気持ちを読み切っていた。彼は自軍が分断されたと見せかけて、急速前進して敵の背後に出ることに成功、同じく背後を衝こうと転進する帝国軍と膠着状態に持ち込み、辛うじて引き分けた。
仮病で欠席したアスターテ会戦戦没者追悼式典の中継を見ていたヤンは、婚約者ジャン・ロベール・ラップを喪った彼の友人ジェシカ・エドワーズが、国防委員長ヨブ・トリューニヒトを公衆の面前で非難する所を目撃する。後輩のダスティ・アッテンボローと慌てて会場に向かった彼は、トリューニヒトの私兵軍団である憂国騎士団に彼女が暴行される寸前で助け出し、自宅に連れていく。だが憂国騎士団は、ヤンの家にまで攻撃をかけてくるが、ヤンの機転で追い返された。
アスターテ会戦の功績により、ラインハルトは帝国元帥、宇宙艦隊副司令長官に昇進した。皇帝より、姉アンネローゼとの面会を許された彼は、彼女の住む館へ向かった。同行するキルヒアイスの脳裏にさまざまな情景が蘇る。それは、彼の家の隣にに、天から舞い降りたような金髪の姉弟が引っ越してきてから三人で過ごした短かったが幸せな時間、ある日皇帝の寵姫として宮廷に奪い去られた彼女を助けるため、皇帝の、そして帝国の打倒を二人で誓いあったあの日のことだった。
不正で私腹を肥やしていた亡父の遺産返還を帝国政府から求められたマクシミリアン・フォン・カストロプは、無人防空衛星「首飾り」を自領の惑星周辺に配置し、帝国に反旗を翻していた。極めて強力な防空システムである「首飾り」によって、討伐軍も返り討ちにしてしまう。少将となったキルヒアイスにラインハルトは再度の叛乱鎮圧の勅命を下す。何故か先の討伐軍よりも少ない戦力で赴くキルヒアイスに、部下たちは疑問を抱くが……。
第十三艦隊司令官となったヤンに下された指令は、軍事要衝であるイゼルローン要塞の攻略だった。部隊編成に腐心する彼の目に、横暴なトリューニヒト派の軍人を威圧したワルター・フォン・シェーンコップが映る。彼は白兵戦において並ぶ者なしと謳われる「薔薇の騎士」連隊の隊長だった。彼らを麾下に加えたヤンが、以前から考えていた要塞攻略の作戦と自らの腹づもりを語ると、いつ裏切るとも知れないシェーンコップは不敵に笑う。
同盟軍第十三艦隊の攻撃を受けた帝国軍巡航艦が救援を求めてイゼルローン要塞に入港した。重傷を負った艦長は、同盟軍のイゼルローン要塞攻略についての重要な情報を伝えるため司令官シュトックハウゼンに面会を求める。実はその艦長こそが、シェーンコップが変装した姿で、部下も薔薇の騎士連隊のメンバーだった。彼は司令官を人質に取り、計画はうまくいったかに見えたのだが、一士官の抵抗により要塞の全機能が停止してしまう。
イゼルローン駐留艦隊の生き残り、オーベルシュタイン大佐がラインハルトのもとを訪れる。彼は要塞陥落の責任を取らされ、粛清されようとしていた。彼はラインハルトに打倒帝国の野心をあえて明かす。ラインハルトは、自分の参謀職への彼の起用を決定し、帝国軍三長官の職と引き換えにオーベルシュタインの助命を申し出た。しかし、キルヒアイスは、彼の登用がラインハルトの覇道に暗い影を投げかけるのではないかと予感していた。
長く中央社交界から追放されていたクロプシュトック侯爵が、ブラウンシュヴァイク公爵のもとへ、彼主催の行幸パーティへの参加の嘆願に訪れた。ブラウンシュヴァイク公はこの頼みを承諾するが、これはクロプシュトックの復讐だった。彼の一門を長年虐げ続けてきたブラウンシュヴァイク公や放蕩三昧で国政を省みない皇帝を葬り去ろうと、クロプシュトックは爆弾を残して会場を去る。そのパーティにはラインハルトも招待されていた。
ヤンは士官学校の記念式典に招待され、テルヌーゼン市を訪れたが、到着早々代議員補欠選挙の主戦派候補者に出迎えられ、政治宣伝に利用されてしまう。そのため彼は、反戦団体から出た対立候補ソーンダイク陣営の運動員の襲撃を受ける。そこに止めに入ったのは、なんとジェシカだった。彼女もその選挙運動に携わっていたのだ。再会した二人は懐かしい士官学校に足を踏み入れ、過ぎた日々を振り返る。が、突然の爆音がそれを遮った。
かつて皇帝の寵愛を一身に受けていたベーネミュンデ侯爵夫人は、皇帝の関心と愛情がアンネローゼに移り、その地位を奪われたことを激しく恨んでいた。ラインハルトを快く思わない門閥貴族のフレーゲル男爵の巧みな誘導に乗せられた彼女は、遂に実力行使に出る。ラインハルト負傷という偽情報で新無憂宮からアンネローゼを誘い出し、そのまま拉致したベーネミュンデは、平民との心中を偽装して彼女の命と名誉を奪おうとするが……。
イゼルローン要塞奪取以降、ヤンの望みとは裏腹に、同盟市民の中にはさらなる戦争遂行の気運が高まっていた。だが、人材の大部分を軍に徴用された同盟の社会システムは弱体化し、国力は疲弊の一途をたどっていた。そんな中、政府は選挙対策のため、帝国領への進攻作戦を決定する。ヤンへの対抗心と自身の功名心から作戦を提案したアンドリュー・フォーク准将は、会議で大演説を打つものの、具体案を何等持ち合わせていなかった。
同盟軍の帝国領進攻の情報を得たラインハルトは、彼らを領土深く誘い込み、戦線が伸びきったところで攻撃するという方針を立てた。さらに同盟軍の力をそぐため、ウルリッヒ・ケスラーに辺境星域の食料・物資の徴発を命じた。民衆を同盟軍の足枷として用いるという作戦であった。クラインゲルト子爵領に降り立ったケスラーは苦悩する。しかもこの地には、かつて淡い想いを交わし、今はクラインゲルト家に嫁いだ女性フィーアがいた。
さしたる抵抗もなく帝国領を攻め上る同盟軍。自らを「圧制からの解放者」と称する彼らは、帝国軍に物資を徴集されて不安がる民衆に生活の保障を約束する。しかし、民衆を養うための物資の補給部隊がキルヒアイス艦隊によって殲滅されると、逆に同盟軍は民衆からの略奪を始める事態にまで陥り、各地で騒乱と虐殺が勃発する。時期を得たと確信したラインハルトは、全軍に出撃命令を下す。同盟軍は既に戦わずして負け始めていた……。
物資も底をつき、補給ルートも絶たれ、満身創痍の同盟軍を帝国軍が攻撃する。ウランフ、ボロディン、アル・サレムといった名将が戦死し、同盟各艦隊は瓦解していく。ヤンでさえ、目の前の敵と対するのが精一杯だった。ここに至ってラインハルトの掌で躍らされていたことに気付いた同盟軍司令部は、アムリッツァ星域にて分散した兵力の再集結を命じた。そこにビッテンフェルト中将率いる黒色槍騎兵艦隊の圧倒的な火力が襲いかかる。
アムリッツァ星域に集結した同盟軍だったが、却って帝国軍の集中攻撃を受けて総崩れの様相を呈する。味方を撤退させるべく孤軍奮闘したヤン率いる第十三艦隊は、消耗した黒色槍騎兵艦隊の包囲網を突破してイゼルローン要塞に無事帰還した。アスターテにひき続きまたも完全勝利をヤンに阻まれたラインハルトは、更に強く彼を意識せざるを得なかった。そんな中、皇帝フリードリヒⅣ世の急死という報がもたらされ、帝国に緊張が走る。
門閥貴族との戦いを控えたラインハルトは、その間の同盟軍の動きを封じるための計略を立てる。かつて惑星エル・ファシルから民間人を見捨てて逃亡し、帝国軍の捕虜となっていたリンチ少将を利用して同盟軍にクーデターを使嗾し、国内を混乱させるべく帰国させたのだ。だが、イゼルローン要塞司令官となったヤンは、この企てを予測していた。彼はビュコック宇宙艦隊司令長官にその考えを伝え、クーデター阻止に動き始めるが……。
門閥貴族は、ブラウンシュヴァイク公、リッテンハイム侯を中心に「リップシュタット連合」を結成し、ラインハルトとリヒテンラーデ公の皇帝派への対抗を決めた。それを察知したラインハルトは先んじて彼らの拘禁に動き、多数の貴族を逮捕したが、ブラウンシュヴァイク公、リッテンハイム侯には逃げられてしまう。ガイエスブルク要塞に集結する彼ら「賊軍」を討伐すべく出撃するラインハルト。「リップシュタット戦役」が今始まった。
フォーク予備役准将による同盟軍統合作戦本部長クブルスリー大将への暗殺未遂事件と呼応するように、同盟領各地で軍の反乱、暴動が続発する。その混乱を縫ってビュコックが行っているクーデター阻止のための秘密調査も遅々として進まなかった。暴動鎮圧のために出撃しようとしていたヤンのもとに、遂にクーデター勃発の報が入る。だが、「救国軍事会議」を名乗り、首都星ハイネセンを制圧したというクーデター勢力の首謀者は……。
リップシュタット戦役の最初の戦いは、ミッターマイヤーと彼の士官学校時代の教官、シュターデンとの間で始まった。だがミッターマイヤーの用兵の前には歯が立たず、シュターデンはレンテンベルク要塞に逃げ込む。ラインハルトは要塞の攻略をミッターマイヤーとロイエンタールに命ずるが、要塞の心臓部である核融合炉を守っていたのは、白兵戦で敵を葬ることを何よりの楽しみとする装甲擲弾兵総監、オフレッサー上級大将であった。
ハイネセンより脱出したバグダッシュがヤン艦隊に合流して来た。彼はヤン暗殺の密命を帯びていたのだが、シェーンコップに呆気なく見破られる。イゼルローン攻撃の準備をしていた第十一艦隊は、ヤン暗殺成功の報を待っている間にヤン艦隊に先手を取られ、殲滅される。救国軍事会議は唯一の艦隊戦力を失い、クーデターの維持は難しくなる。一方、ハイネセンではジェシカたちが主催する反クーデターの市民集会が開かれていたが……。
ブラウンシュヴァイク公との確執の挙句、リッテンハイム侯はガイエスブルク要塞を出て、辺境星域を次々と平定しているキルヒアイスの討伐に向かった。その報を受けたキルヒアイスは、少数の高速機動部隊を率いてリッテンハイム艦隊を蹂躙する。敗北に直面して脅えたリッテンハイム侯は、進路上の味方を砲撃してガルミッシュ要塞に逃げ込む。しかし、味方に殺された仲間の仇を討とうとする一兵士の復讐によって、宇宙の塵と消えた。
惑星ヴェスターラントを統治する甥が、住民に殺されたことに怒ったブラウンシュヴァイク公は、報復のためにタブーとされている熱核攻撃を敢行しようとする。それを知ったラインハルトは直ちにこれを阻止しようとするが、オーベルシュタインは異を唱える。この攻撃の模様を撮影して、貴族連合軍の残虐な行いを帝国全土に知らしめる政治宣伝に利用し、彼等の力を弱める決定打にするべきだというのだ。逡巡するラインハルトだが……。
同盟のクーデターは急速に行き詰まりつつあった。ヤンは、バグダッシュを証人にクーデターがラインハルトの計略であると同盟市民に公表し、救国軍事会議の唯一の拠り所である軍事衛星群「アルテミスの首飾り」を奇想天外な方法で一気に破壊した。ヤンの実力を見せつけられた救国軍事会議は、更にヤンの推測の正しさをリンチが認めたことでその意義を失い、降伏を余儀なくされる。同盟の歴史上最初で最大の内乱はこうして終息した。
辺境星域の制圧を成し遂げたキルヒアイスが、ガイエスブルク要塞に到着した。自らその労をねぎらうラインハルトの態度にオーベルシュタインは眉をひそめる。一方、キルヒアイスは、ラインハルトがヴェスターラントへの熱核攻撃を黙認し、民衆を見殺しにしたのかどうかを問い質す。痛いところを衝かれ、彼のことを疎ましく思ったラインハルトは高圧的な態度でキルヒアイスを退かせてしまった。そして、オーベルシュタインの進言を受け入れ、キルヒアイスを友ではなく、部下として扱うことにする。それが取り返しのつかない悲劇を呼ぶことになろうとは、この時のラインハルトは思いもよらなかった……。
アンスバッハは、ブラウンシュヴァイク公の死体に隠した銃をラインハルトに向けて発射した。誰もが凍りつく中、キルヒアイスだけがアンスバッハを抑え込み、これを阻止したが、アンスバッハは指輪に偽装したレーザー銃でキルヒアイスを死に至らしめる。ラインハルトは衝撃の余り、自らの殻に閉じこもってしまう。どうすることもできずにいる諸提督を前にオーベルシュタインは、この悲劇を利用して政敵リヒテンラーデ公を葬り去ることを提案。それを容れた提督たちは急遽オーディンに戻り、リヒテンラーデ一派を拘禁、国璽を手に入れた。ラインハルトは親友の死と引き換えに銀河帝国を手に入れたのだった。
イゼルローン回廊で銀河帝国、自由惑星同盟の両軍が偶発的に衝突した。アッテンボロー率いる同盟軍には戦いに不慣れな新兵が多く、ひたすら守勢に回るしかなかった。ところが、却ってそれが帝国軍の「ヤンの作戦ではないか」との疑念を招き、攻勢をためらわせたため、ヤンの増援が間一髪で間に合った。新兵としてこの戦いに参加したユリアンは、初めての戦場に慄然としながらも華々しい戦果を挙げ、帰還することが出来たのだった。
実質的に銀河帝国の支配者となったラインハルトは、内政を固めることに腐心しつつ、人材の登用に心を砕いていた。キルヒアイスを失った帝国軍で「双璧」と称されたのはミッターマイヤー、ロイエンタールの両名であった。そんな中、ラインハルトは科学技術総監シャフトが提案した策を受け容れ、イゼルローン要塞への出兵を決定する。内政に専念すべきこの時期の出兵に、「双璧」2人も首席秘書官ヒルダも釈然としない思いを抱くが……。
ラインハルトは、ガイエスブルク要塞をワープさせてイゼルローン要塞に対する作戦を実行する任にケンプとミュラーを充てた。フェザーン自治領主ルビンスキーは、これまでの政策を転換し、ラインハルトに同盟を併呑させた後で裏面から帝国を支配しようと考え、補佐官ケッセルリンクにその布石を打つよう命じる。ケッセルリンクはまず、同盟政府にヤンがクーデターを起こす可能性を示唆し、彼をイゼルローン要塞から引き離そうとする。
ケッセルリンクは、フェザーンに亡命していたシューマッハやランズベルクと接触し、「ある計画」への参加を呼びかけていた。その頃同盟では、フェザーンの使嗾により、ヤンに対し査問会に出頭するよう召喚命令が発せられていた。一方帝国では、ガイエスブルク要塞のワープが成功し、ラインハルトがイゼルローン回廊への進攻を正式に決定する。この作戦の遂行に懐疑的なヒルダは、改めてキルヒアイスの喪失の大きさを思うのだった……。
ハイネセンに召喚されたヤンとフレデリカは、到着早々引き離されてしまう。軍の施設に軟禁同然に閉じ込められたヤンは、法的根拠のない査問会に引き出され、様々な事柄について詰問される。一旦解放されたヤンは怒りにまかせて辞表をしたため始めるのだった。一方、ヤンを救出しようと奔走するフレデリカたちは、現在のハイネセンがトリューニヒトに政府、軍、マスコミに至るまで全て押さえられていると知り、絶望的になるのだった。
帝国軍がガイエスブルク要塞をワープさせて急接近して来ることが判明し、イゼルローン司令部は慄然とする。その頃、ハイネセンではヤンの査問が続いていた。しかし、遂に忍耐の限界に達したヤンが辞表を叩きつけようとした正にその時、帝国軍侵攻の急報が入ったのであった。同盟政府としてはヤンをイゼルローンに戻す他に道はなく、ヤンは自由の身となる。ヤン不在のイゼルローン司令部には、ケンプからの宣戦布告が届いていた。
イゼルローン要塞に突き刺さるガイエスブルク要塞主砲ガイエスハーケン。その威力に脅威を感じつつも主砲で応戦する同盟軍。ケンプは続けて陸戦隊を送り込むが、「薔薇の騎士連隊」に撃退され、戦線は膠着状態となる。ヤンの不在を敵に悟らせないため迂闊に動けない同盟軍に焦りの色が見え始める。そんな中、イゼルローン要塞外壁の破壊に成功したミュラー艦隊。その際捕らえた同盟兵がヤンの不在を自白したと聞いたミュラーは……。
ミュラーはヤン不在の情報は真実であるとの判断を下し、帰還して来るヤンを捕らえようと兵を動かす。しかし、その情報をヤンの策略と断じたケンプに撤収を命じられてしまった。戻って来たヤンと、鋭い洞察力でケンプの作戦を見抜いたユリアンとの間で、期せずして連携が生まれ、帝国軍は撃退される。完全に劣勢となったケンプは、形勢挽回を狙う最後の手段としてガイエスブルク要塞をイゼルローン要塞に衝突させようとするが……。
