When the Nadesico's computer system malfunctions and starts attacking United Earth forces vessels, Admiral Munetake decides that the ship's memory banks should be wiped and reinstalled. Unwilling to see Omoikane (the ship's AI) and all its valuable data erased, Ruri enlists Akito's aid on a virtual reality mission to save Omoikane and restore its sanity.
Lors d'un important combat engageant à la fois les lézards joviens, les forces terrestres et le Nadesico, un phénomène incompréhensible se produit à bord des appareils de combat du Nadesico. En effet, les missiles qu'ils envoient se verrouillent à la fois sur l'ennemi et sur les vaisseaux alliés, entraînant un désordre indescriptible sur le champ de bataille. Surpris de voir un vaisseau qui détruit tout ce qui bouge sans aucune distinction entre ennemis et alliés, les lézards joviens cessent toutes hostilités, tandis les forces terrestres investissent le Nadesico pour l'inspecter.
連合軍と共同戦線を張るナデシコだが、なぜかエステバリス隊が連合軍機を攻撃し始めた。原因は、かつて民間船として連合軍と対立していたナデシコのメインコンピューター・オモイカネに、軍に対する反抗心が宿っていたためだった。これを危険とみなした軍部は、オモイカネの全データ消去を強制する。
Cuando el sistema informático del Nadesico funciona mal y comienza a atacar a las naves de las fuerzas de la Tierra Unida, el almirante Munetake decide que los bancos de memoria de la nave se deben borrar y reinstalar. No dispuesto a ver a Omoikane (la IA de la nave) y todos sus datos valiosos borrados, Ruri solicita la ayuda de Akito en una misión de realidad virtual para salvar a Omoikane y restaurar su cordura.
