ホウエン地方を訪れたアランとマノンはダイゴやフラダリと合流し、古代の遺跡で謎の巨石を発見する。しかし、メガシンカしたレックウザの襲撃で巨石が姿を消してしまう。
消えた巨石の行方を探るアランとダイゴだったが、その最中にグラードンとカイオーガが復活。ゲンシカイキで絶大なパワーを手にした両者は海上に現れた巨石を巡って激突する。事態の収束に動くアラン達だが…。
Alain et Martine, qui ont visité la région de Hoenn, rejoignent Pierre Rochard et Lysandre et découvrent un mystérieux rocher dans des ruines antiques. Cependant, le rocher disparaît lors de l'attaque de Rayquaza, qui a subi une méga-évolution. Alors qu'Alain et Pierre Rochard cherchent à retrouver la trace du bloc de pierre disparu, Groudon et Kyogre ressurgissent. Ayant acquis une puissance démesurée grâce à la Primo-Résurgence, les deux Pokémon s'affrontent violemment pour le bloc de pierre apparu en mer. Alain et ses compagnons tentent de calmer le jeu, mais...
Alain, Steven y Mairin llegan a Ciudad Rustboro y se dirigen a Devon S. A. para monitorizar las recientes actividades de Groudon primigenio y Kyogre primigenio. Al parecer ambos se dirigen hacia un mismo lugar en busca de la fuerza de una piedra gigante legendaria. Decididos a detenerlos, Alain y Steven se disponen a prepararlo todo para dirigirse al lugar.
Алан и Манон, посетившие регион Хоэн, встречаются с Дайго и Фладаром, и вместе они обнаруживают загадочный гигантский камень в древних руинах. Однако, после атаки Мегаэволюционировавшего Реквазы, камень исчезает.
Алан и Дайго начинают поиски пропавшего камня, но в это время восстают Граудон и Кайогр. Обладая колоссальной силой благодаря Геншикайки, они сталкиваются из-за гигантского камня, появившегося на поверхности моря. Алан и его друзья пытаются разрешить ситуацию, но…
