La collision entre Groudon et Kyogre qui s'est produite dans la région de Hoenn a été stoppée par Mega-Rayquaza, et les rochers géants apparus sur les lieux ont été transportés dans la région de Kalos par Lysandre. Après avoir accompli sa mission, Alain est retourné à Kalos, suivi par Martine qui est revenue en hydravion. À la recherche d'une plus grande puissance, Alain relève le défi de battre dix dresseurs maîtrisant la Méga-Évolution, sous peine de se voir confisquer son Méga-Anneau et son Dracaufeu X s'il perdait. Au cours de ce combat, le Marisson de Martine rencontre un mystérieux Pokémon utilisé comme cobaye.
Para continuar con las misiones, Alain necesita pasar una difícil prueba para demostrar que es digno de confiar, en lo cual tiene que vencer consecutivamente a 10 entrenadores expertos con sus Pokémon con Megaevolución y asi continuar su trabajo. Mientras Mairin lo observa, el al darse cuenta le dice que se retire por peligro a que le pasara algo a ella, en lo cual Mairin se va muy triste.
ホウエン地方で起きたゲンシグラードンとゲンシカイオーガの激突はメガレックウザによって食い止められ、現場に現れた巨石もフラダリ達によってカロス地方へ輸送された。任務を終えたアランはカロスに帰還し、マノンも後を追う様に飛行艇で帰って来たのだった。
更なる強さを求める為、アランは負ければメガリングとリザードナイトXを没収されるという条件下でメガシンカを操るトレーナーとの10人抜き対決に挑む。その中、マノンのハリマロン（ハリさん）は実験対象にされた謎のポケモンと出会う。
Столкновение Гэнси Граудона и Гэнси Кайогра в регионе Хоэн было остановлено Мега Реквазой, а гигантские камни, появившиеся на месте событий, были перевезены в регион Калос при помощи Фрадали. Завершив свою миссию, Алан вернулся в Калос, а Манон последовала за ним на летательном аппарате.
В поисках еще большей силы Алан решает принять участие в соревновании с десятью тренерами, где, если он проиграет, у него отберут Мега-ринги и Лизарднайт X. В ходе этого турнира Хари из Манон встречает загадочного покемона, ставшего объектом экспериментов.
