Nach den Ereignissen im Club wird Lain von Herren in Schwarz verfolgt.
The events from Cyberia make the girls minor celebrities in their class. But for Lain, more mysterious events continue to occur. She receives a Psyche chip from a mysterious benefactor, strange Men In Black are following her, and it appears there is another 'Lain' on the WIRED.
Lain est au commissariat pour être questionnée sur les événements de la nuit. Un officier cherche à contacter ses parents, mais ils restent injoignables. Raccompagnée dans la maison vide, Lain s'endort devant son ordinateur. Le lendemain matin, la famille est réunie et tout semble normal. Cependant il se passe de nombreuses choses inhabituelles...
｢レインってこ聞いた事あるでしょ？
ワイヤードのレイン｣ 発砲事件に巻きこまれ、警察での事情聴取を終え帰宅した玲音。
だが家には何故か誰もいない....
深夜にふと目をさました玲音は、居間を寝室を廻ってみる。だがやはり家には自分以外は誰もいなかった。
翌日昨日の事を母に問おうとしたが、結局は何も聞けなかった....
｢いい、やっぱり。｣
登校途中、黒服の男が玲音をみている、監視している様でもある。
たまらずに、走り出す玲音。
学校の話題は発砲事件でもちきりだった。皆の現実感の無さを心配するありす、
「たしかに昨日私たち、そこにいたけどさ、何かリアリティが無かった気がする」
玲音の下駄箱に茶封筒が入っていた、ラブレターだと騒ぐ少女達、
だが中には一枚のチップがはいっていた、｢なーんだつまんない！｣。
帰宅途中にチップを見つめて、突然呟く玲音｢プシューケー...｣
サイベリアでタロウ達に、｢プシューケー｣について尋ねる玲音、
去ろうとする玲音を呼びとめるタロウ、彼はWIREDで玲音に会った事があるという、
そして、今とは性格がまったく違っていたとも...。
姉の美香がふと、玲音の部屋をのぞくと、
スリップ一枚でNAVIを改造する玲音...
｢何やってんのよ...玲音｣
｢静電気がまずいんだって、
服は脱いじゃった方がいいみたいなんだ｣
｢バッカじゃないの....｣
ふと顔を上げる玲音、クローズアップして....
｢お帰りお姉ちゃん｣
Lain se entera que está siendo espiada por unos agentes desde un coche cerca de su casa. En el colegio, Lain recibe de manera anónima un misterioso chip psique, acerca del cual pregunta inicialmente a su padre, y luego a Taro en el club Cyberia. Taro luego le dice que la ha visto en la red pero que su personalidad es completamente opuesta a la de la realidad. Finalmente Taro le explica cómo instalar el dispositivo en su computador.
Wydarzenia z Cyberii sprawiają, że dziewczyny stają się małymi gwiazdami w swojej klasie. Ale dla Lain wciąż mają miejsce bardziej tajemnicze wydarzenia. Dziewczyna otrzymuje chip Psyche od tajemniczego darczyńcy, a dziwni Faceci w Czerni śledzą ją i okazuje się, że w WIRED jest jeszcze jedna "Lain".
