2중대에 새로운 중대장이 왔다! 엉성하지만 후임들을 다뤄가며 어엿한 일병으로 거듭나고 있는 박민석과 평화로운 나날을 보내고 있는 2중대원들의 운명은? 한편 조폭 선임들에게 찍혀 지옥 같은 일상이 반복되는 강찬석, 꼭 무슨 일이 일어날 것만 같다.
부조리를 견디지 못하고 결국 사고를 친 강찬석. 다시 원래 중대로 돌아가고 싶다며 막무가내로 2중대장에게 찾아가 매달린다. 그간 일어난 2중대 사건사고를 파악한 중대장은 해이해진 군기강을 잡기 위해 직접 움직인다. 그 첫 번째 행보는 사단장의 아들, 박민석과의 면담이다.
중대장과의 모종의 약속을 한 강찬석은 김동우와 같은 생활관으로 다시 돌아오게 되고, 그 모습을 본 모두가 경악한다. 한편 중대장은 중대원들의 비현실적인 특급전사 현황을 확인하고, 가짜 특급전사를 잡아내기 위해 직접 특급전사 선발에 임한다. 현 시간 부로 특급전사가 아닌 전 인원, 휴가 제한이라고?
강찬석의 복귀 파티를 하고 있는 3분대원들. 흥겨운 분위기도 잠시, 뒷정리를 하던 막내가 실수로 찬석에게 라면 국물을 끼얹는다. 예전 악마 선임이었던 그의 모습을 떠올리며 모두가 긴장하는 가운데, 찬석은 예상과 다르게 그냥 웃고 넘어간다. 모두의 의아함이 남은 채로 맞게 된 유격 훈련. 유격대장으로 2중대장이 등장하는데...
마침내 시작된 유격 훈련. 철두철미한 중대장의 지휘 아래, 설상가상으로 악천후까지 겹쳐 열외자가 속출한다. 유격 체조에서 낙오된 이들을 기다리고 있는 교관은... 민석의 친누나라고? 가까스로 유격 체조를 마친 민석은 휴식을 취하려는 찰나, 자신의 총기에서 가스 조절기가 사라졌다는 사실을 깨닫는다. 끝나지 않는 시련, 가스 조절기를 찾지 못하면 영창이다.
화생방, 막타워 등 유격 훈련을 꿋꿋하게 수행한 민석과 중대원들. 마지막 훈련인 부대 복귀 행군 간 잊을 수 없는 군 생활의 추억을 함께 경험한다. 감상에 젖는 것도 잠시, 훈련하는 동안 허리의 통증이 심해진 일구는 병원으로 실려가게 되는데... 한편 중대장은 중대장실에 끼워진 쪽지 하나를 발견한다. 그 쪽지에 빼곡하게 쓰여진 것은, 부대 전원이 연루되어 있는 각종 내무 부조리.
사상 최악의 마음의 편지가 일으킬 파문을 꿈에도 모른 채, 중대원들은 유격 훈련이 끝났다는 안도감을 느낀다. 회식 소식에 마냥 기뻐하는 민석과는 다르게, 대대장에게 보고를 앞둔 중대장의 표정은 한없이 비장하다. 그 시각 심해진 허리 통증으로 인해 병원에 하루 더 입원하라는 지시를 받는 일구. 하지만 기묘한 환자로 가득한 병원은 부대보다 편하지 않다.
일구는 퇴원을 앞두고 부대 복귀를 준비한다. 하지만 그를 맞아주는 건 따뜻한 동료들의 환대가 아닌, 다목적실에서 진술서를 쓰고 있던 상·병장들. 대수롭게 생각하지 않던 일구는 행정반 앞을 무심코 지나치다가, 한 장의 A4 용지를 보고 그대로 얼어붙는다. 그 종이의 내용은, 부대 내 거의 모든 상·병장들의 이름이 적힌 징계 목록이다.
마음의 편지가 일으킨 대규모 징계 사태 이후, 상·병장들은 일·이등병들을 투명 인간 취급하기 시작한다. 노희정은 차훈의 지시로 중대장실에서 마음의 편지를 빼돌리려 하다 중대장과 마주친다. 차훈은 마음의 편지를 쓴 전력이 있는 동우를 범인으로 의심하고, 하루 안에 범인을 잡아 오라고 협박한다. 심리적으로 압박을 받는 동우. 그의 눈에 띈 건, 다름 아닌 민석이다.
선임들과 후임들의 반목으로 인해 2중대의 분위기는 파국으로 치닫는다. 필사적으로 범인을 찾느라 극한의 스트레스가 쌓인 동우. 그는 점점 과격하고 폭력적으로 후임들을 몰아붙이기 시작한다. 그런 동우를 안타깝게 지켜보던 민석은, 찬석이 중대장실에 어떤 종이를 넣는 걸 봤다는 충격적인 사실을 털어놓는다.
마음의 편지로 부대가 어지러운 이때, 전 인원 앞에서 중대장은 마음의 편지에 대한 진실을 폭로한다. 납득하기 어려운 중대장의 말에 차훈은 선임들을 대표해 항변해 보지만, 중대장은 반성의 기미가 안 보인다며 상·병장 전원의 연병장 집합을 명령한다. 어쩔 수 없이 모두가 얼차려를 준비하려는 찰나, 중대장의 앞을 행정보급관이 막아선다.
행정보급관과의 마찰 이후 폭주하는 중대장. 이내 그는 병사들에게 ‘앞으로 모든 일과 및 휴식에서 완전군장에 위장크림까지 바른 채 생활하라’라는 말도 안 되는 명령을 내린다. 한편 초병 근무 중이던 민석과 동우는 부대로 들어오는 레토나 한 대를 목격하는데, 차량에서 내린 주인공은… 여, 연대장님?!
말년모드에 돌입한 최일구,친근한 매력을 뿜어내는 새로운 중대장 조백호, 거기에 두 신병까지! 달라진 분위기의 2중대지만 여전히 어리버리한 박민석.. 그리고 다시 돌아온 시즌 1의 빌런 성윤모
지지리 운도 없는 1생, 세계적인 스타 전세계를 3생에 보내고, 답답한 비주얼의 노센스 노잼 문빛나리를 신병으로 받게 된다. 빛나리 때문에 복장 터지는 1생.. 한편 윗선에서는 윤모의 2중대 복귀가 확정된다.
무혐의 처분을 받고 2중대 1생활관으로 돌아온 성윤모. 윤모를 곱게 볼 리 없는 2중대 인원은 뜻을 모아 윤모를 기수열외 시킨다. 그럼에도 최선을 다하려는 윤모의 달라진 모습에 다들 의아해하는데..
중대장이 포상을 걸고 총기 분해결합 시합을 벌인다. 중대원 중 유일하게 실패한 빛나리로 인해 1생은 개인정비시간에 총기수입을 하게 되는데..기수열외를 무시하고 윤모에게 수입포를 준 빛나리를 민석이 혼내게 되는데 그 순간 나타나 민석을 저지하는 윤모...
전세계의 속옷이 사라진 왁자지껄한 상황속에서도 여전히 외면받는 성윤모. 불침번이 깨워주지 않아 근무가 있는 날이면 밤을 새우기까지 한다. 중대장은 윤모를 불러 따로 얘기해보지만 선임들이 잘 챙겨준다고 얘기하는 윤모에 모두들 더욱 혼란에 빠진다.
2박 3일 동원훈련 지원작전에 간 일구는 전역한 심진우를 만나게 되고 민석은 예비군들을 상대하느냐고 정신없다 남은 인원은도 작업의 늪에 빠져 고통스러워 하는 한편, 대대장의 호출과 계속되는 파견으로 번번이 작업에서 열외되는 세계도 남모를 고생에 힘겨워한다.
이등병 시절, 트라우마를 남긴 빌런 3인방 선임들을 예비군으로 마주한 일구. 만만한 성격탓에 예비군들의 장난감이 돼버린 민석. 잘해보려 하는데 맘처럼 되지 않고 공황 증세까지 와버린 빛나리. 모두가 각자의 자리에서 고통을 마주하게 된다.
작업 하던 도중, 윤모가 몸을 날려 상훈을 구하는 해프닝이 벌어진다. 혼란스워하는 상훈에게 동우는 윤모에게 기회를 줘보는게 어떠냐고 얘기한다. 한편, 공황증세로 외진을 간 빛나리는 군의관의 심드령한 진단으로 좌절하게 된다. 그날 새벽, 일구는 진우와 불침번을 서며 깊은 이야기를 한다