常盤台中学をはじめとした『学舎の園』、そして大手企業の秘匿情報の漏洩が多発。その原因は『インディアンポーカー』で見た夢と考えられ、対策がとられるものの、大きな効果は上がらずにいた。一方、『インディアンポーカー』の技術に『才人工房（クローンドリー）』の気配を感じとった食蜂は独自に調査を開始。その裏に操歯涼子という研究者と、彼女が関わっている研究機関の存在を突き止める。しかし、そこで行われていた実験は『インディアンポーカー』とは関係のない、奇妙なものだった。そんな事情を知らされた美琴は、食蜂からその研究機関の調査を、とある交換条件とともに持ち掛けられる――。
Shokuho approaches Mikoto to ask her to break into a research facility and determine the results of a unique experiment. But before Mikoto can enter the building, she has an encounter that raises serious questions for her, demanding good answers.
Misaki Shokuhô approche de nouveau Misaka pour une affaire liée au poker indien. Son enquête la conduit à s'intéresser à Ryôko Kuriba, une jeune fille qui aurait fait l'objet d'expériences cybernétiques dans un centre de recherche.
Während sich Kuroko und Uiharu sowie der Rest von Judgment und Anti-Skill näher mit Indian Poker befassen, wird Misaka von Shokuhou abgefangen. Shokuhou erzählt ihr von Kuriba Ryouko, die mittels Cyborgtechnologie erfolgreich in zwei Teile aufgespalten wurde, sowie von der Forschungseinrichtung, in welcher sie sich aufhalten und in die Misaka einsteigen soll.
토키와다이 중학교를 포함한 '배움의 정원', 그리고 대기업에서 기밀 정보의 누출 사건이 연이어 발생한다. 그 원인이 '인디언 포커'를 통해서 본 꿈에 있다고 생각되며 대책을 세우고 있지만 큰 효과를 기대할 수는 없었다. 한편, '인디언 포커'의 기술에서 '클론 돌리'의 흔적을 감지한 쇼쿠호는 독자적으로 조사를 시작한다. 그리고 그 뒤에 있는 쿠리바 료코라는 연구자와 그녀와 관련된 연구기관의 존재를 확인한다. 하지만 그곳에서 이루어지는 실험은 '인디언 포커'와는 상관없는 기묘한 것이었다. 이런 사정을 알게 된 미코토는 쇼쿠호에게서 그 연구기관에 대한 조사를 어떤 교환 조건과 함께 제안받게 되는데.
Shokuho si avvicina a Mikoto per chiederle di entrare in un istituto di ricerca e trovare i risultati di un esperimento. Ma prima che Mikoto possa entrare nell'edificio, ha un incontro che le causa ancora più domande.
美琴因最近总是做奇怪的梦而精神不振的走在街上，遇到了可爱佳茄酱，并被邀请陪同佳茄酱去车站。美琴虽然很疑惑但还是陪着佳茄酱去了，一路上佳茄酱说着奇奇怪怪的话让美琴注意到了是食蜂在恶作剧。食蜂当然不是专门为了整蛊美琴而来。学校许多不对外公开的的信息都被泄露了出去，原因就是一种名为“印第安扑克”的卡牌。通过这种卡牌，会将自己的梦分享给别人，许多不能够分享的信息就这样流向外界了。设计卡牌的是一个名叫操齿凉子的十四岁初中生。她参与着改造人的实验，将自己的身体制成材料分成几个部分，再用机械来补充残缺的部分，这样一具身体就有了两个改造人。分开后的两个改造人各自生活，一年后再将身体组装回去，没有不良反应并且记忆都还存在。说那么多，食蜂的目的就是希望美琴潜入试验机构，确认操齿的实验结果。操齿在接受着隔离观察，她意识到自己失去了来到学园都市前的记忆。操齿从楼上跳下逃跑，遇上了潜入的美琴，便很快不见了踪迹。美琴和食蜂来到真人操齿的住处，询问关于分身的事情，而此时的分身已经获得了人工皮肤。开始由美琴买印第安扑克而精神不振引入，再由印第安扑克事件引出试验所的改造人实验，环环相扣。印第安扑克的设计，绝不只是为了盗取梦境这么简单，一定还有着更大的目的。本以为重组后在研究所里接受观察的是操齿凉子本人，但后面美琴试图拦住逃跑的操齿时，这是由一堆机械组装的分身。反过来再看，就会发现分身看到的研究人员的脸是一团黑影，看到的扫地机器人却是女仆的样子。分身原本以为自己就是操齿凉子本人，在后来意识到自己没有实验之前的记忆时，才知道了自己是分身的事情，所以她逃走了，带着沉重的身体，去获得了人工皮肤。而片尾的四人组，是暗部食尸部队的成员。在受到降级处分以来一直靠打零工维持生活，这次好不容易接到委托，一定也是跟操齿凉子这件事情有着紧密的联系。
Misaki investiga a Ryōko Kuriba, quien supuestamente ideó los planes para Indian Poker. Ella se entera de que Ryōko fue parte de su experimento usando tecnología cyborg para convertirla en dos personas antes de volver a unirse para determinar si se podía crear un alma.
