Un soir, Didi et Vipvip (membres de la Bande des Cinq) passent par les égouts, rentrent dans le bureau de Monsieur Walter et trafiquent toutes les notes avant la remise des diplômes dans l'ordinateur du directeur. Le jour de cette remise rend les Kangoo et Monsieur Walter dubitatifs, c'est alors que Kevin et Nelson décident d'enquêter et trouvent toutes les preuves accusant Didi et Vipvip tandis que les Kangoo Juniors organisent un plan.
C'est Noël à School Island. Cette année, le père Noël est débordé par toutes les livraisons de cadeaux. Django demande alors aux Kangoo Juniors de l'aider pour sa livraison : Napo prend le commandement du Traineau suivi de Django et des autres Kangoo Juniors, mais la Bande des Cinq vole les présents de chaque enfant et les Kangoo juniors se lancent alors à leur poursuite.
C'est le week-end pour les élèves de School Island. Dans la forêt de l'île, les professeurs organisent un concours d'énigmes. Ils annoncent que le vainqueur deviendra le chef de la colonie de vacances. La Bande des Cinq ne veut pas rater cette occasion et triche à plusieurs reprises, ce qui ne fait qu'engendrer des bagarres entre la Bande des Cinq et les Kangoo. Mais la Bande des Cinq, prise en flagrant délit de tricherie grâce à une caméra, sera disqualifiée...
Ce n'est pas le jour des frites comme ça devait l'être en théorie à School Island. Les élèves arrivés à la cantine s'en rendent compte car la cuisinière Madame Marthe n'est pas là. De plus, la fille de Mme Marthe a accouché de jumeaux et les bébés sont très fragiles. Les Kangoo Juniors vont faire alors preuve de leur courage et sauver les bébés.
Pour la fête de School Island, les élèves de l'école décident de jouer une pièce de théâtre. Napo propose "Robin des Bois" et les personnages de cette scène sont sélectionnés par tirage au sort. Mécontente du choix, la Bande des Cinq se rend compte qu'elle n'avait que les rôles des "méchants" contrairement aux Kangoo et à Tiffanie qui jouaient ceux des "gentils". Le jour de la représentation, la Bande des Cinq, jalouse, sabote le spectacle. Les Kangoo réagissent aux mauvais coups. La scène se termine avec une bataille de gâteaux...
À l'occasion de son anniversaire, Junior-Junior invite tous ses amis à la Sierra Kangoo. Jeux de plage, basket, ski nautique et orangeade sont au programme. Didi et ses compagnons souhaitent participer à la fête et promettent d'être sage.
Archie a mis au point un extraordinaire jeu vidéo. Bien évidemment, celui-ci n'est encore qu'un prototype, mais la bande des cinq s'en empare et télétransporte les Kangoo Juniors à l'intérieur de ce même jeu.
Une réunion annuelle de parents d'élèves se tient à School Island. Les adultes trouvent que leurs enfants ne travaillent pas assez. Pour leur prouver le contraire, Django propose d'inverser les rôles l'espace d'une journée.
Un nouveau parc d'attractions, Paradisland, ouvre ses portes à Westland, la capitale du Grand West. Le jeune Jimmy Mac Connor invite les Kangoo Juniors et leurs amis à l'inauguration.
Didi et Marcos sont une nouvelle fois au bord du renvoi. Leur père décide de les punir et les envoie passer le week-end sur le bateau de papy Di, "l'Enfer". La tempête fait rage et le navire tombe en panne.
Depuis quelque temps, Napo s'est pris d'affection pour madame Marion, la propriétaire de la papeterie. Un jour, la jeune femme, en larmes, confie au garçon que son époux est au chômage.
La balade à vélo des Kangoo Juniors s'achève bien vite lorsqu'un terrible orage s'abat sur la ville. Ils trouvent alors refuge dans un vieux navire à moitié échoué. À peine installés, ils sont surpris par le propriétaire des lieux, un certain Rodrigo le Corsaire, qui prétend être un fantôme.
Junior-Junior est victime de racket par la bande des cinq.
Daisy, une nouvelle élève, arrive à School Island. Elle se lie très vite d'amitié avec Tiffanie, Vipvip et Rox. Avec l'autorisation de Miss Adélaïde, les quatre filles organisent une Pyjama Party où les garçons sont exclus.
Balthazar Di offre une statue de monsieur Walter à School Island. Bientôt, le monument est détérioré. La bande des cinq fait porter le chapeau aux Kangoo Juniors.
La police de la ville recherche le malfrat qui vient de dévaliser la caisse d'un supermarché. Les Kangoo Juniors apprennent qu'il s'agit de Gaston, le fils de madame Marthe. Afin d'éclaircir ce mystère, ils entament une investigation.
Le bateau de papy Di est pris dans une tempête. Afin d'éviter le naufrage, le vieil homme largue des bidons de pétrole brut qui créent une marée noire sur School Island. Les Kangoo Juniors se réunissent et nettoient la plage.
Comme chaque année, le Super Circus vient planter son chapiteau sur l'île. Malheureusement, peu avant la première représentation, tous les artistes se retrouvent au lit, terrassés par une violente grippe.
Didi et ses acolytes volent le doudou de Junior. Les Kangoo s'occupe de le récupérer.
Miss Adélaïde raconte aux Kangoo Juniors et leurs camarades l'histoire de School Island. Dans les temps anciens, l'île se prénommait "l'île maudite". Les pirates allumaient des feux sur la berge afin d'attirer les riches caravelles qui se fracassaient sur les rochers.
À School Island, un messager royal annonce à Miss Adélaïde qu'elle est l'unique héritière du trône. Son père, Gaëtan III, vient d'abdiquer. Cette nouvelle la bouleverse.
Cette année, School Island accueille le Grand Championnat des Cadets. Les meilleurs jeunes sportifs sont au rendez-vous et concourent, en équipe, pour le premier prix.
À l'occasion du Grand Championnat des Cadets, les Kangoo Juniors n'affrontent pas seuleument les équipes en lice, ils affrontent également la bande des cinq, qui ne cesse de saboter les épreuves.
Junior-Junior découvre un vaisseau intersidéral accidenté, dans lequel gît Horius, un petit extraterrestre blessé. Les Kangoo Juniors l'aident à retourner sur sa planète qui est en grand danger.
En route pour une destination surprise, les élèves de School Island sont livrés à eux-mêmes, lorsque le système de freinage de l'autobus ne répond plus.
Sally Rose est une peste. Cet enfant gâté ne fait que des bêtises. Lorsque Kevin lui propose de changer d'attitude et d'améliorer ses relations avec autrui, elle hésite d'abord, puis relève le défi.
Le tournage d'un film s'organise à School Island. Le réalisateur engage la bande des cinq. Ceux-ci, ne connaissant pas leur texte, sont remplacés par les Kangoo Juniors.
Miss Adélaïde et les élèves de School Island partent en excursion au Mysialand. En chemin, elle leur raconte la légende du Mogo, un monstre mystérieusement disparu depuis de longues années.
Monsieur Molyneux, inspecteur d'Académie, arrive par surprise à School Island pour évaluer élèves et professeurs. Très vite, tous les comportements changent.
Titou a disparu. Les habitants de School Island paniquent car Didi prétend qu'un loup-garou aurait enlevé le bébé. Armés de fusils, les villageois partent chasser le "monstre".
La fête foraine bat son plein à Paradisland. Batista, la voyante, prédit le même avenir aux Kangoo Juniors et à la bande des cinq. Afin de connaître le vérité, Django fabrique une machine à voyager dans le futur. Junior et ses amis l'utilisent.
En fouillant dans le bureau de monsieur Walter, la bande des cinq découvre que Daisy est une enfant adoptée. La nouvelle se propage dans tout l'établissement. La jeune fille, bouleversée, demande aux Kangoo Juniors de l'aider à retrouver ses parents biologiques.
Monsieur Walter a demandé à son amie de toujours, la fameuse cantatrice Florinda Lationi, de venir à School Island afin de monter une chorale. Après les avoir auditionnés, la diva tombe sous le charme de Kevin.
Des vols très mystérieux sont commis à School Island. Les professeurs ainsi que monsieur Walter, sont d'abord soupçonnés puis arrêtés par le shérif. Restés seuls dans l'école, les Kangoo Juniors mènent l'enquête.
Lors d'une partie de pêche, le père Matthieu raconte ses folles épopées aux Kangoo Juniors. Fortement impressionné par les vantardises du vieux marin, Junior-Junior prétend avoir été sauvé de la noyade par une sirène prénommée Séphira.
C'est le jour de la fête des crêpes à School Island. Un malentendu amène madame Aline à lancer un défi à madame. La guerre des crêpes est déclarée.
Au cours de la fête d'anniversaire de madame Marthe, une mouche noire, signe de mauvais présage, fait son apparition et enquiquine les invités. La bande des cinq en profite pour jeter des mauvais sorts.
Le professeur Tulipe, un éminent paléontologue, assisté des Kangoo Juniors, entreprend des fouilles à School Island. Sur les flancs du volcan éteint, Junior-Junior tombe dans la crevasse d'un glacier et découvre un énorme mammouth congelé.
Un concours de miss est organisé à School Island. Toutes les filles de l'école y participent. Très vite, Tiffanie, la favorite, se fait détester par ses camarades qui lui mènent la vie dure.
Hector, un garçon contraint de finir sa vie dans un fauteuil roulant, est le nouvel ami des Kangoo Juniors. Il est bientôt victime d'une terrible agression.
Un matin, Junior a la désagréable surprise de se réveiller seul dans le dortoir. Pendant la récréation, les autres membres de l'équipe sont odieux. Didi et ses acolytes profitent de l'occasion et lui proposent une association.
La bande des cinq est kidnappée. Les malfrats exigent une rançon. Les Kangoo Juniors se lancent alors à la recherche de Didi et ses compagnons et tentent de les sauver.
Monsieur Walter organise un grand concours photographique auquel participent les Kangoo Juniors et la bande des cinq.
Les Kangoo Juniors découvrent, sur la plage, une bouteille contenant une carte au trésor, appartenant à Richard Le Rouge. Ils empruntent un voilier et se rendent sur place.
L'excursion de fin d'année arrive. Les élèves de School Island partent en promenade en compagnie de Django et de Balthazar Di qui les emmènent vers le volcan qui surplombe l'île. En chemin, ils découvrent la Plante Dorée.
