「なんもねぇから、あすこへ行くんだ」。元チンピラの与太郎は、刑務所の慰問で聞いた八代目有楽亭八雲の落語「死神」が忘れられなかった。出所後、真っ先に向かったのは八雲の寄席。八雲に弟子入りを懇願し、どうにか内弟子になるのだが……。一方の八雲は、そこに身を寄せる小夏という女性との深い因縁、そして自身の逃れられない過去と、落語に打ち込む傍らで様々な因果に翻弄されていく。
八雲が話して聞かせる助六との「約束の噺」。若き日の八雲である菊比古は七代目八雲に弟子入りした日、のちに助六となる少年に出会った。彼は名跡を継ぎたい一心で八雲を尋ねた変わり者だが、持ち前の噺で菊比古と師匠をすっかり引き込んでしまう。初太郎という高座名を授かった彼の性格は型破りで、噺は荒削り。けれども何より落語が好き。しぶしぶ内弟子になった菊比古とは正反対だが、そんな二人の修行の日々が始まるのだった。
初めての高座で初太郎との実力差を痛感した菊比古。廓噺や艶笑噺を初太郎に勧められるが、目先の前座噺で精一杯。自分にどんな噺が向いているのかおぼつかないままだった。その上、昼間は学校もあり、落語漬けの初太郎との差は開くばかり。それでも彼のおかげで落語がどんどん好きになり、一人の青年らしく交際する相手もできた。しかし押し寄せる戦争の影は、落語も恋も友情もすべてを引き裂こうとしていて……。
二つ目となった菊比古と初太郎は、師匠の家を出て貧乏二人暮らしを始めた。初太郎は助六を襲名してからというもの、休む暇もないほどの上り調子。臆せず笑いを取りにいく話しぶりには、菊比古も舌を巻くばかりだった。一方の菊比古は助六のぶんまで食い扶持を稼ぎ、ろくに稽古もできない状態。なかなか調子の上がらない菊比古のためにと、師匠はみよ吉という芸者を紹介するのだが……。
寄席が終われば酒を浴び、両手に女を抱きかかえ芸の肥やしと上機嫌。遊んでいても仕事は入り、口も八丁手も八丁。菊比古はそんな助六に苛立ちを覚えながらも、順風満帆の彼が少し羨ましかった。自分はというと、鹿芝居の稽古もうまくいかず焦るばかり。自分に落語は向いているのだろうか？ 自問自答する菊比古はある日、偶然みよ吉に出くわす。悪戯な表情を浮かべる彼女についていくと……。
鹿芝居の成功で気分をよくする菊比古。自分の一挙手一投足に皆が心を動かすさまは格別なものだった。似たような経験を戦地の兵隊の前でしたという助六。それ以来、人のために落語をやると決めたというが、そんな彼が菊比古に問いかける。「お前（め）さんは？ どうなんだい」。誰のために落語をするのか。自らの居場所のために落語をしてきた菊比古は、一度もそんなことを考えたことがなかった。
自分の落語を見つけ、すっかり売れっ子になった菊比古。みよ吉と逢瀬を重ねても、考えるのは落語のことばかり。寂しがるみよ吉をよそに、落語漬けの充実した日々を送っていた。一方の助六は人気にかこつけてやりたい放題。身の丈以上の噺に手を伸ばしては、大師匠方の不興を買っていた。説教に腹を立てる助六と振り回される菊比古。そんな二人のもとへ、みよ吉がやってきて……。
七代目と菊比古の地方巡業は大盛況だった。七代目も菊比古の成長に満足し、いよいよ真打昇進を視野に入れる。頭痛のタネは、助六だ。問題行動ばかりの彼を真打にするのは、ひどく骨が折れるのだという。当の助六はというと、みよ吉から意外な事実を聞かされていた。菊比古はみよ吉に何も話さずに旅立ったというのだ。諦めにも似た悲しい表情を浮かべるみよ吉。その横顔はあまりに美しかった。
七代目の尽力もあり、菊比古と助六は揃って真打に昇進。披露公演も大盛況を収めるが、助六がまた問題を起こしてしまう。落語協会会長の嫌味に腹を立て、会長の十八番を勝手に披露したのだ。七代目から説教を喰らう助六は、ここぞとばかりに落語への想いを熱弁するのだが……。一方、菊比古はみよ吉に別れ話を切り出そうとしていた。菊比古と助六、二人の運命が大きく動き出す。
別れの刻はふいにやってくる。落語のつらさも楽しさも一緒に分かち合った助六。自分を本当の子どものように世話してくれたおかみさん。弟子入りを望む者やマスコミは嫌というほどやってくるのに、大切な人たちはどんどん去って行く。やりきれない思いを抱える菊比古に、七代目が聴かせるのは『子別れ』と自身の因果の物語。そう、すべては切っても切れない因果の巡り合わせ……。
温泉街のそば屋で出会った少女、小夏こそが助六とみよ吉の子どもだった。菊比古は小夏の案内でついに助六と再会するが、その姿はあまりに落ちぶれていた。みよ吉に落語を辞めさせられ、仕事をするでもなくその日暮らし。水商売をしながら助六を支えてきたみよ吉も、愛想を尽かして出て行ったという。菊比古はそんな助六に、たった一言だけ告げる。「東京へ戻って落語をやりなさい」と。
温泉街の旅館で開かれる小さな落語会。菊比古も小夏も松田も、誰もが高座に上がる助六の姿を待ち望んでいた。一方、助六は落語を愛する客の温かさに触れ、改めて落語と人との繋がりを実感する。菊比古のはからいで七代目八雲の紋付きを羽織り、披露するのは『芝浜』。ついに助六と菊比古の止まっていた時間が動き出すのだが……それはみよ吉にとっても同様だった。
時代に流されない落語を残していくこと、それが菊比古の仕事。時代に合わせた落語のために自分が変わっていくこと、それが助六の仕事。落語のために生きた二人の「約束の噺」も、いよいよお開き。菊比古も、ついに八雲の名前と向き合うときが来た。移ろいゆく時代、落語も人も大きく変わろうとする中で、菊比古は落語に、落語が結んだ縁にどんな決着を付けるのか。
八代目八雲に弟子入りして早十年、ひよっこだった与太郎もいよいよ真打に昇進。襲名するのは、八雲の兄弟子であり小夏の父親でもある「助六」の名だった。順風満帆のようにも見えるが、そうもいっていられない。落語はいまや時代に取り残されつつある。父親がいないまま母親となった小夏のことも心配だ。三代目助六となった与太郎は自らがたぐり寄せた縁をしょって立つことができるのか……？
前科者のヤクザだった過去を週刊誌に暴かれた与太郎。ワイドショーは落語界の一大スキャンダルに大騒ぎだったが、当の本人はどこ吹く風。興味なさげに高座に上がるが、その落語にははっきりと焦りの色が伺えた。テレビの仕事も激減し、寄席の客も一段と厳しい視線を送ってくる。苛立ちを募らせるばかりの与太郎だったが、どうもその原因はスキャンダルだけではないようで……。
「自分の落語」が見つからない上に、小夏と親分の関係を勘繰り始めた与太郎は、邪念を振り払うかのように『大工調べ』の稽古をしていた。棟梁が啖呵を切る場面を演じていると、樋口が「なぜ棟梁は啖呵を切るのか」と口を挟んでくる。その理由や意味を考えたことがなかった与太郎だが……。一方、小夏は務めていた料亭に親分がやってくると聞き、与太郎がついてくるとも知らず、急いで料亭に向かうのだった。
信之助にとって、与太郎は自慢の父ちゃんだ。人気の噺家となった与太郎はいまやテレビ番組にも引っ張りだこ。子ども番組で『寿限無』を披露すれば、子どもたちがこぞって真似をし出すほどだ。その一方で寄席にもしっかり出演し、下座の小夏に支えられながら客を満足させていた。樋口もその活躍を喜んでいたが、新作落語をやらせたい気持ちは変わっていない。そこで八雲に協力を仰ごうとする。
快進撃のきっかけとなったのは八雲の『居残り』だという与太郎。モヤモヤを振り払ってくれたその噺を、二ヶ月後に控える八雲との親子会で披露することに。『居残り』の左平次は噺家の「我」がもっとも出るという。与太郎は八雲から落語に意志が見えない、この噺で「我」を張りなさいと注文されていた。左平次を通じ、なかなか見つけられずにいる「自分の落語」を見つけることはできるのか。
『反魂香』を演じ終えると同時に倒れ込んだ八雲は、ろうそくの並ぶ道で二代目助六に首を絞められる夢を見ていた。与太郎の声で意識を取り戻したものの、もはや高座に上がることはかなわない。与太郎は救急搬送される八雲に付き添おうとするが、耳に入ってくるのは落語を楽しみにしている客の声。「落語やんなきゃ」。高座を残していた与太郎は、意を決して舞台に上がる。演目は、『居残り』。
高座で倒れてから一週間、ようやく八雲が目を覚ました。しかし、すっかり意気消沈した様子で、口を開けば「落語はやらない」の一点張り。落語協会会長の仕事を辞し、松田にも暇を出そうとしていた。落語とは切っても切れない縁のある八雲が、なぜ落語から離れようとするのか？ 一方、与太郎は先代助六の映像フィルムを求めて樋口、松田とともに四国を目指す。そこで知る八雲と助六の真実とは……。
上方落語に復帰した萬月、弟子を取るようになった与太郎。八雲の引退発言が引き金となり、誰も彼もが八雲の芸、八雲とともにあった落語を残そうとしていた。樋口も八雲の資料集めに奔走し、足跡を形としてまとめようとするが、当の本人は苦い顔。人を惹きつけ、人を狂わせた自分の落語。その落語にいま、そっぽを向かれようとしているのだ。否応なく突きつけられる肉体の限界に、八雲は……。
時代が変わろうとも揺るぎないものがある。与太郎にとってのそれは、八雲の存在だ。刑務所で聴いた『死神』に天啓を受け、どこまでもついていくと決心したという。その真っ直ぐな想いにあてられたのか、八雲は落語と自らの死に思いを馳せる。死に場所を寄席に求めるなら、落語をしてほしい。与太郎から刑務所慰問に誘われた八雲は、最初は躊躇していたが人様のために落語をしてみたいという。
終演後の雨竹亭が火災に遭い、一人高座に上がっていた八雲が大やけどを負ってしまう。一命を取り留めたものの、復帰はますます難しくなった。災難なのはそれだけではない。東京で唯一の寄席が全焼してしまったのだ。落語の未来に暗雲が立ちこめるが、人さえいればなんとかなるのも落語。未来を信じる与太郎は落語のために走り回っていた。そして、小夏にも大きな変化が訪れようとしていて……。
小夏と縁側で与太郎のラジオを聴いていた八雲。不意に迷い込んだロウソクの並ぶ道で、二代目助六に再会する。そう、ここは三途の川。助六に案内されながら、冥途を目指すことになったのだ。道中、軽口を叩き合いながら、子どもの時分に戻ったり、若き菊比古と助六に戻ったり。みよ吉や小夏のことを互いに述懐しながら、それぞれの人生と向き合っていく。すると今度は、みよ吉が現れて……。
あれから、早15年――。与太郎と小夏の子ども、信之助は二つ目に、小雪は高校生になった。落語と心中しようとした者、落語に自分を捧げようとした者……数奇な縁が紡いだ物語は、確実に次代へと繋がっていた。菊比古、助六、八雲の名を受け継いだ者たちは、どのような想いを胸に秘め、落語と向き合っていくのだろうか。昭和元禄落語心中、いよいよお開きの時間が近づいて参りました。
