白色彗星都市帝国との死闘から数カ月、ガミラス残存艦隊を率い、荒廃した母星ガミラスを再び訪れたデスラーは、ガミラス星を採掘する謎の船団を発見する。故郷を蹂躙されたことに怒るデスラーは船団に対し総攻撃を仕掛ける。が、敵船の連鎖爆発により、ガミラス星は大規模な地殻変動を起こし、惑星そのものが崩壊してしまう。その上、ガミラスの双子星・イスカンダル星が、軌道を外れ宇宙をさまよいだす。デスラーの通信により、かつての恩人、イスカンダルのスターシャの危機を知ったヤマトは、新乗組員と共にイスカンダルへと向かう。だが、その前に暗黒星団帝国を名乗る謎の艦隊が立ちふさがるのだった。
西暦2203年、太陽系は暗黒星団帝国艦隊による奇襲を受ける。暗黒星団の上陸部隊によって防衛軍本部は陥落し、地表に飛来した人間の脳細胞のみを破壊する恐怖の兵器・重核子爆弾により、人類は降伏を余儀なくされる。古代ら元ヤマトクルーは、地球脱出を試みるが、乱戦のさなか森雪が傷を負い、地上に残されてしまう。小惑星帯に隠されていたヤマトに合流したヤマトクルーは、重核子爆弾のコントロール装置を破壊するため、暗黒星団帝国の敵本拠地へと向かう。一方、地球防衛軍長官・藤堂は、森雪らと共にパルチザンを組織し、重核子爆弾の占拠を画策する。宇宙のヤマトと地球のパルチザン、２手に別れた地球の反撃が、いま始まる。
西暦2203年、伝説の回遊水惑星・アクエリアスの接近により、銀河の彼方ディンギル星は水没する。辛うじて母星を脱出したディンギル帝国の総統・ルガールは、ワープによってアクエリアスを地球に急速接近させ、人類を水攻めで殲滅した後、地球へ移住する計画を立てる。ディンギル帝国軍の凶悪な秘密兵器・ハイパー放射ミサイルによって、為すすべもなく倒される地球防衛艦隊。この空前の危機に、復活した初代艦長沖田十三の下、宇宙戦艦ヤマトはアクエリアスへと旅立つ。ヤマト内部の波動エンジンを自爆させ、アクエリアスより立ち上る水柱を断ち切るために……。
西暦2220年。宇宙戦艦ヤマトにより、数々の困難から救われた人類は、再び未曾有の危機に直面する……。 巨大なブラックホールが太陽系に接近、いずれ地球を飲み込むことが確実となった。 「地球消滅まで、あと3ヶ月」 やむをえず地球から避難するため、人類は惑星アマールの衛星へ移民を計画する。 6億人を乗せて第1次、第2次移民船団が出発するが、突如、謎の艦隊の襲撃を受け相次いで消息を絶つ。第1次船団の責任者は、古代 雪……。 宇宙科学局本部長・真田は、伝説の男･雪の夫である古代 進を呼び、第3次移民船団司令として宇宙戦艦ヤマトの艦長に任命する。 新たな戦士たちとともに、ヤマトが復活した。 最新の技術によりボディは強化。イスカンダルより受け継いだ波動エンジンは健在。増加された6本！の炉心により大幅パワーアップ。 必殺の波動砲は、6連射が可能となった。 迫り来るブラックホール、来襲する異星人連合艦隊との死闘、待ち受ける超巨大戦艦!! 果たして人類は無事、アマールにたどり着くことが出来るか？ 妻・雪が生きていることを信じて古代のヤマトが、発進する！
ＴＶシリーズを再構成したもの。原案・製作総指揮は西崎義展。原作＝松本零士。西暦2199年。地球はガミラス帝国のデスラー総統が落とした遊星爆弾が原因で、重度の放射能汚染に蝕まれていた。人類は地表を放棄し地下へと逃げ延びたが、汚染は地下へも広がりつつあり、人類滅亡まであと１年というところまで事態は深刻化していた。そんなとき、地球から14万８千光年彼方の“イスカンダル星”からメッセージが届く。イスカンダルにある放射能除去装置“コスモクリーナー”を提供したい、と。メッセージには新たな宇宙船の推進機関“波動エンジン”の設計図も含まれていた。早速、戦艦大和を宇宙戦艦へと作り直し、沖田艦長以下、古代進や島大介、森雪ら若き戦士たちが宇宙へと旅立った。果たしてヤマトはデスラー総統の妨害をかいくぐり、イスカンダル星にたどり着けるのか？ そして、人類の運命は…！
2201年、コスモクリーナーＤによって、滅亡の危機を逃れた人類は、急速な勢いで文明を復興していた。だが、宇宙の彼方より、再び脅威が迫りつつあった。星ぼしを破壊しつつ、宇宙を進撃する謎の白色彗星が、刻一刻と太陽系に接近しつつあったのだ。一方、白色彗星の到来を警告する謎のメッセージを受信した古代、相原の元ヤマトクルーは、防衛軍上層部に彗星の危険を進言するが、聞き入られない。そこで、古代はかつてのヤマトクルーを召集、防衛軍の制止を振り切りメッセージの発進源を目指しヤマトを発進させる。だが既に、侵略者の魔の手は、太陽系第11番惑星にまで及んでいた……。
