慶長十六年。関ヶ原天下分け目の戦から早十数年、天下をほぼその掌中に収めた徳川家康のただひとつの懸案は、豊臣秀吉の嗣子・秀頼の存在であった。この目の黒いうちに何としてでも大阪を潰さねばー。そこで家康はある策略を思いついたのだった。
慶長十六年。関ヶ原天下分け目の戦から早十数年、天下をほぼその掌中に収めた徳川家康のただひとつの懸案は、豊臣秀吉の嗣子・秀頼の存在であった。この目の黒いうちに何としてでも大阪を潰さねばー。そこで家康はある策略を思いついたのだった。
家康は、ポルトガル船が堺へ持ち込んだ大砲を買い付けるため、隠し目付大伴一角を使って望月一族を襲撃し、一族の財宝を奪う。知らせを受けた幸村は、真田家の忠臣であった望月一族を救い、財宝を奪回するために立ち上がる。
家康は天下掌握のため、伊賀忍者・柘植鬼十郎に真田昌幸・幸村親子の暗殺を命令。鬼十郎は配下のくノ一・茜を公家の娘・鈴香と称させ、真田屋敷に潜入させる。茜は真田党の一員となるが、幸村の人柄に触れ暗殺への心が揺らぐ。その心変わりを察した鬼十郎は、逆に茜を利用し幸村を罠にかけ、父・昌幸に魔の手を伸ばす。
幸村は徳川に対抗すべく伊達政宗に接近。察知した家康は二人を葬るため、その首に百万石の賞金を懸けて奥州路へ刺客を放つ。一方、麻利亜も生き別れた妹を探し仙台を目指していた。奥州路を舞台に、陰謀と策略の限りを尽くした徳川対真田の戦いが幕を開ける。
幸村は家康が着々と進める江戸城拡張工事を探るため江戸入りし、才蔵、佐助に命じ縄張り図を盗み出す。その図面に記された謎の朱線の意図を探るうち、幸村は奇妙な事実に気づく。江戸拡張工事に隠された家康の陰謀とは……。
幸村は薩摩藩主・島津義弘の上洛を察知する。豊臣恩顧の島津の動向は徳川方も注目しており、天下の覇権を左右する。幸村は島津の協力を得るため密かに接触を試みる。だが島津の駕籠行列が襲われ、義弘が姿を消す。徳川への寝返りを狙う薩摩藩京都家老らの陰謀を察知し、義弘は身を隠したのだ。幸村は島原界隈に潜む義弘を突き止めるが、一足先に魔の手が迫る……。
幸村は柳生剣法を使う謎の男に狙われ、真意をただすべく柳生の里へ。宗主・宗矩は否定するが、犯人が一族を追放された従兄弟・禅風だと察する。禅風は野望のため里に火を放ち宗矩の娘を殺害、真田の仕業と見せかける。宗矩は罠と知りつつも徳川の圧力に屈し、幸村に果し合いを申し込む。
丹波路を行く幸村一行は、村人を襲う大ヒヒの噂を聞く。ヒヒ退治に名乗りを上げたのは、武士になり庄屋の娘・おたみとの結婚を夢見る重太郎だった。その夜、山に閃光が走り、幸村は巨大な陰謀を直感。佐助らの調査で、行方不明の男たちが大砲建造の人足にされていると判明する。大ヒヒは、陰謀を隠すための作り話だったのだ。おたみに白羽の矢が立った夜、幸村はからくりを見抜き、重太郎におたみの警固を任せる。
楓は男たちに追われる三人の娘を助けるが、二人は毒矢で殺され、おゆきも鬼面党に連れ去られる。京の町を騒がせる鬼面党を操る"闇の所司代"の陰謀を察した幸村は調査を開始。一方、楓は大吉という少年と知り合い、世話を焼くようになる。だが、大吉の家の押入れから、あの不気味な鬼面が見つかり……。
家康の勢力拡大に焦る淀の方は、秀頼を豊太閤の正統な後継者とする勅書を得るため、公家・菊亭大納言を頼り密かに大坂城を脱出する。幸村は十勇士の望月六郎を潜入させ警固にあたらせるが、大納言は既に徳川方に寝返り、刺客・成瀬禅正と共に淀の方らの暗殺を画策していた。帝に会わせると欺かれ連れ出される淀の方。六郎の報せで幸村が駆けつけるも、一足遅く淀の方を乗せた輿は刺客たちの手で運び出された後だった。
長崎では「黒縄組」が抜け荷の利権を握り、暴力で支配していた。悪を追う麻利亜が捕らわれ、幸村は救出のため長崎へ入る。一味の拠点と目される「南海楼」の女将・おけいは妖艶な姿の裏で、店の実権を握る商人の藤兵衛や、背後で私利をむさぼる長崎奉行・神尾典膳への復讐を誓っていた。幸村は地下室に麻利亜が捕らわれていることを突き止めるが、おけいは麻利亜の命と引き換えに、藤兵衛と神尾の暗殺を幸村に依頼する。
家康は尾張を制するため名古屋城を築き、目付・渥美主膳に民衆を弾圧させていた。抵抗組織の志乃から指導者暗殺の企てを聞いた幸村らは、正体不明の指導者二人を救うべく動き出す。才蔵はひたむきな志乃に恋心を抱き熱心に捜索。幸村は指導者の一人、桑名屋五兵衛との接触に成功するが、密告により五兵衛は斬殺されてしまう。組織内に潜む裏切り者の影と、弾圧を強める主膳。幸村と、恋に揺れる才蔵は残る一人の指導者を救えるか。
十勇士は大坂城を爆破しようとした旧武田家の九筋衆を撃退。黒幕を探るため佐助らは武州八王子へ向かい、九筋衆に襲われていた旅籠「丸屋」の娘・お三津を助ける。一方、幸村は金山奉行の大久保長安が八王子に移ったと聞き急行。実は丸屋の者達は長安に滅ぼされた里の生き残りで、金塊と共に長安を討とうと狙っていた。だが幸村が着いた時、丸屋は襲撃され、お三津らは姿を消していた。
真田屋敷での餅つきの最中、幸村の隙を突き高野聖に化けた宇喜多家の残党が乱入。楓や里人を人質に屋敷を占拠する。首領の嶋中鷹月は家康に寝返り、幸村の首と引き換えに大名の座を約束されていた。爆薬と鉄砲で武装した一味を前に、幸村は一歩も近づけない。シビレを切らした鷹月は、幸村をおびき出すため、産気づいて苦しむお妙を庭先ではりつけにするという非道な手段に出る。
大坂で鬼女の面をつけた女盗賊が暗躍。豊臣家老・片桐且元は幸村に助力を求める。一方、岸和田藩家老・岩間は治安悪化を理由に出陣を強行しようとするが、それは家康に大坂攻めの口実を与える陰謀だった。幸村が女盗賊の正体を追うと、かつて才蔵が助けた女手妻師たちと判明。彼女らは岩間に唆され、夫の仇と信じ込む片桐を狙っていた。だが、夫たちを処刑した真の下手人は、岩間本人であった。
家康は薩摩藩主・島津義弘を屈服させるべく刺客を送り込む。事態を憂慮し薩摩に潜入した幸村は、村長・嘉平のもとに身を寄せる。一方、鍋島藩家老を騙る公儀隠密・城所らは義弘に接触。城内での暗殺を断念した城所は、仲間を毒殺し疫病「ころり」に見せかけ、義弘を城外へ移らせる計画を立てる。義弘が向かう先は幸村が潜伏する別邸だった。そこへ隠密の魔の手が伸び、幸村は島津義弘を守るため立ち上がる。
大坂で爆破事件が相次ぐ。家康は大坂方に出兵させ、それを名目に関東から出兵し一挙に大坂を潰す陰謀を企てていた。幸村は陰謀阻止のため、佐助らを率い九度山を発ち、みなし子たちが身を寄せる長屋に潜伏する。爆破の主犯は軍学者・鞘島。鞘島は戦災孤児の浪人らを扇動し、幸村たちの長屋を次の標的に定める。爆薬を仕掛けようとする一味の竹丸は、かつて合戦場で幸村に石を投げつけた少年だった。
決戦目前の京で、佐助は島左近の遺児・弦四郎を救う。弦四郎は幸村に、貿易商が仕入れる最新式鉄砲五千丁を徳川より先に買い取ってほしいと持ちかけるが、和平を願う幸村の態度は弦四郎を失望させる。幸村は、弦四郎が恋人と静かに暮らせるよう配慮するが、仇討ちに燃える弦四郎は仲間と共に家康暗殺を決意。植木職人に変装し、家康のいる駿府城へと潜入する。幸村の願いをよそに、若き戦士が死地へと足を踏み入れる。
徳川方の兄・信之は、家康から預かった黄金の太刀を五人組の浪士に奪われる。三日以内に取り戻せねば家は断絶、信之は切腹という窮地に。佐助らが疑われ連行されると、幸村は信之のもとへ駆けつけ、麻利亜を人質に差し出す代わりに佐助らを釈放させ、自ら太刀の奪還を誓う。唯一の手掛かりは浪士が残した弓。調査の結果、犯人は信州上田に縁のある者と判明し、幸村は兄を救うため陰謀の核心へ迫る。
家康の腹心・本多正信は豊臣家の財政源マカオとの交易を絶つため、堺に帰国する総元締・お浜の娘、喜代を狙う。小西行長の遺児・麻利亜の頼みで、幸村は喜代の住む吉野へ急ぐ。正信は商人・平野屋と結託し、喜代を騙して平野屋の息子と縁組させようと企むが、幸村の隙を突き息子が喜代に襲い掛かった。幸村は傷ついた喜代を救い、危険を承知で母・お浜に会わせようと決意する。
紀州和歌山で「小天狗党」を名乗る盗賊が暴れ、真田の軍資金稼ぎとの噂が流れる。幸村を監視する領主・浅野長晟は徳川の圧力に苦悩する。幸村らが調査すると、賊が残した手裏剣から、佐助の同門・小太郎の関与が浮上。家康直下の隠密組織から武士への登用を約束された小太郎が、真田壊滅のため暗躍していたのだ。佐助らはかつての仲間に説得を試みるが、野望に燃える小太郎との対決は避けられないものとなっていく。
反徳川の気風が残る堺で、有力商人が次々と暗殺される。唯一残った灘屋の用心棒に才蔵が潜入する一方、怪我を負った十蔵は小間物屋の信三郎・おみよ兄妹に救われる。だが、兄妹はかつて父を不意打ちで殺した下手人が幸村だと信じ、仇討ちの機会を狙っていた。実は背後で兄妹を操るのは、家康の腹心・本多正信と結託した政所代官・久坂。幸村は濡れ衣を着せられた過去の因縁と、堺を巡る徳川の巨大な陰謀に立ち向かうことになる。
大坂城下で窮地の麻利亜を救った幸村は、秀頼の養育係で彼女の元許婚・新十郎の邸に身を寄せる。秀頼襲撃を阻止した幸村は、背後に家康の影を察知。家康は孫の千姫に二条城での対面を求めるが、その真意は千姫暗殺を大坂方の仕業に見せかけ、開戦の口実にすることだった。千姫を襲った刺客を新十郎が斬るも、実の孫まで犠牲にしようとする家康の非情さに幸村は驚愕する。徳川の巨大な陰謀を前に、幸村は千姫の守護を固める。